使用 RStudio 编译 RMarkdown：为什么要阅读 .RProfile？答案

【问题标题】：Compiling RMarkdown with RStudio: why reading .RProfile?使用 RStudio 编译 RMarkdown：为什么要阅读 .RProfile？
【发布时间】：2015-04-20 15:29:10
【问题描述】：

为什么 RStudio 在从 .Rmd 编译 .HTML 时会尝试读取我的 .RProfile 文件？

我的意思是，我按下“Knit HTML”按钮，然后它实际上尝试执行我在.RProfile 中的所有内容，加载那里提到的每个库，然后尝试获取外部文件失败（我有一堆 self -.RProfile 中提到的编码函数，source('/Users/me/.rstudio-desktop/lib/lib.stocks.R') 等行。

现在，我确实必须在编译（编织）期间将.RProfile 从主目录中移出，但可能应该有某种选项，或者其他什么？

如果有任何建议将不胜感激:)。

OS X 10.8.5，RStudio 版本 0.98.1091

【问题讨论】：

我真的没有一个好的答案，但解决方法可能是if (interactive()) {## do things for normal r session} else {do other things for non-interactive session, ie, knitr compiling} 哦，把它放在你的 .rprofile 中，忘了那部分
谢谢@rawr，这行得通:)。不过还是很有意思，为什么一开始就这么做……
不确定 knitr 文档是新的 r 会话还是只是创建了一个新环境，但无论哪种方式 r 都正常启动，这意味着它会读取您的 .rprofile 并执行其中的任何操作第一的。我以为您可以在 engine.opts 块选项中传递 --vanilla，但看起来并非如此

标签： r rstudio knitr

【解决方案1】：

这就是.Rprofile 的定义。当 R 启动时，它会读取并执行该文件。 RStudio 启动一个新的 R 会话来编译 R Markdown 文档，并且 R 会话读取 .Rprofile，除非您告诉 R 会话不要这样做（例如通过 R --no-init-file 或 R --vanilla），但目前您无法真正控制如何RStudio 启动 R 会话。我认为@rawr 提到的if (interactive()) 是一个非常好的主意，也是我经常使用的（我希望我的非交互式 R 会话是“干净的”）。

【讨论】：

【解决方案2】：

我是在 RStudio 中使用项目的新手，所以如果我误解了这个问题或做了一些愚蠢的事情，请告诉我。但听起来问题实际上是您的 .Rprofile 对于特定文档来说太大了。

如果您为给定文档创建一个新项目，它们将拥有自己的 .Rprofiles，可以根据文档的需要进行定制。

更具体地说，我制作了一个模板，我只是为我开始的每个新项目复制/粘贴。它只是一个看起来像这样的文件夹：

项目模板（文件夹）

数据（文件夹）
脚本（文件夹）
输出（文件夹）
文档（文件夹）新项目.Rproj .Rprofile

.Rprofile 包括 tidyverse 和我经常使用的其他包，我根据需要添加其他包。当然，如果您正在处理一个需要大量大型和/或自制软件包的大型项目，而您只是想在该项目中制作一个小文档，那么您将再次遇到该问题。

我确信您在很久以前就已经解决了这个问题，但我希望这可以帮助任何（像我一样）在故障排除时遇到此页面的人。

【讨论】：