docker 镜像中的 RStudio 不处理一些库答案

【问题标题】：RStudio in docker image does not deal with some librairiesdocker 镜像中的 RStudio 不处理一些库
【发布时间】：2019-04-05 08:52:32
【问题描述】：

我有问题使用 docker rstudio-image rocker/rstudio 建议在https://www.rocker-project.org/（R 的码头集装箱）上。由于我是 docker 和 RStudio 的初学者，我怀疑问题出在我身上，不值得报告错误：

我用“Docker Quickstart Terminal”打开了一个合适的终端
我使用docker run -d -p 8787:8787 -e DISABLE_AUTH=true -v <...>:/home/rstudio/<...> --name rstudio rocker/rstudio 运行图像的位置
然后在我的浏览器中，我在地址http://192.168.99.100:8787 处获得了一个不错的 RStudio 实例

但在这种情况下，我无法安装多个软件包，例如 xml2。我收到消息：

Using PKG_CFLAGS= 
Using PKG_LIBS=-lxml2
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libxml-2.0 was not found. Try installing:
 * deb: libxml2-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libxml2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libxml2_dev (Solaris)
If libxml-2.0 is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libxml-2.0.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘xml2’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

我不知道xml2 是否在图像上，但文件libxml-2.0.pc 确实存在于我的笔记本电脑的目录/opt/local/lib/pkgconfig 中，pkg-config 位于/opt/local/bin 中。所以我尝试在运行时链接这些 pkg 路径图像（看看我玩图像环境时会发生什么在 RStudio 中），将选项 -v /opt/local/lib/pkgconfig:/home/rstudio/lib/pkgconfig -v /opt/local/bin:/home/rstudio/bin 添加到运行命令。但它不起作用：出于某种原因我在 RStudio 中看不到 lib/pkgconfig 的内容...

RStudio 实例也不接受 root/sudo 命令，所以我不能在 RStudio 终端中使用 apt-get 等工具

那么，有什么诀窍？

【问题讨论】：

标签： docker rstudio

【解决方案1】：

您的笔记本电脑（docker 的主机）上的库不适用于 docker 容器。您应该使用所需的库创建一个自定义图像，像这样创建一个Dockerfile：

FROM rocker/rstudio

RUN apt-get update \
    && apt-get install -y --no-install-recommends \
    libxml2-dev # add any additional libraries you need

CMD ["/init"]

上面我添加了libxml2-dev，但您可以根据需要添加任意数量的库。

然后使用这个命令构建你的镜像（你需要在你创建Dockerfile的目录中执行下面的命令）：

docker build -t my_rstudio:0.1 .

然后你就可以启动你的容器了：

docker run -d -p 8787:8787 -e DISABLE_AUTH=true --name rstudio my_rstudio:0.1

（您可以在上面添加任何其他参数，例如-v）。

【讨论】：