抑制来自 deSolve::lsoda 的错误

Question

我正在运行一些使用近似贝叶斯计算的算法（例如，参见 Toni 等人，2009 年），这些算法需要使用一组随机生成的输入参数重复求解 Lotka-Volterra 方程组。我正在使用来自deSolve package 的lsoda 函数。

这个函数偶尔会抛出一个错误，我希望使用try(..., silent = TRUE) 函数来忽略它，尽管这似乎不起作用（参见下面的示例）。设置options(show.error.messages = FALSE) 也不起作用。

如何禁止从 deSolve::lsoda 打印错误消息？

require(deSolve)

# Differential equations defining the system
LV <- function(Time, State, Pars){

    with(as.list(c(State, Pars)), {

    dx <- a*x - x*y
    dy <- b*x*y - y

    return(list(c(dx, dy)))
    }
    )
}

# Parameters
pars <- c(a = 1.0, b = 1.0)

# Initial conditions
init <- c(x = 1.0, y = 0.5)

# Time steps
times <- seq(0, 15, length.out = 100)

problem_seeds <- c(7, 241, 361, 365, 468, 473, 649, 704, 724, 745, 838)

for (i in problem_seeds){
    set.seed(i)

    # Sample from pi(theta), prior for parameter vector (a, b)
    theta_star <- runif(2, -10, 10)
    names(theta_star) <- c("a", "b")

    # Simulate a dataset using these parameters (at the specified times)
    try(out <- lsoda(func = LV, 
            y = init, 
            parms = theta_star, 
            times = times), 
            silent = TRUE)
    dfs <- as.data.frame(out)
}

Answer 1

看deSolve中小插图的第44页，这种错误描述为here。

您可以通过降低解决方案的绝对容差来解决此问题。在您的示例中，以下方法有效：

out <- lsoda(func = LV, 
             y = init, 
             parms = theta_star, 
             times = times,
             atol = 1e-3)

注意：您的 data.frame dfs 将在每个循环中被覆盖，如果您希望在 data.frame 中输出问题种子，您可以运行 apply 系列的函数。从现在开始，您不再需要 try 函数。