Rmarkdown 在循环中，“knit html”按钮的输出与 rmarkdown::render 不同

Question

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此问题并非（必然）仅与 {htmlTable} 相关。渲染一个使用 {kableExtra} 包 (see also this thread) 设置样式的 html 表格时也会发生同样的情况。

原始问题

我在 RMarkdown 中工作，尝试在循环中使用 htmlTable 包中的 htmltables 呈现文档。当我在 RStudio 中按下“Knit”按钮时，一切正常。但是当我使用render() 函数时，循环中的htmltables 不会被打印，但循环之前的表格会打印。 我看了那个“knit”按钮，渲染功能也是这样，所以我不明白怎么了？

这是带有hmtlTables 的.Rmd 文件的工作示例：

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output: html_document
---

## htmlTables


```{r, results='asis'}
library(data.table)
library(htmlTable)
library(ggplot2)
a <- data.table(matrix(seq(1, 100, 5), ncol = 2))
htmlTable(a)
for (i in 10:11) {
    cat( paste('## title no.', i, '\n' ) ) 
    print(ggplot(a*i, aes(x = V1, y = V2)) + geom_point())
    print(htmlTable(a*i))
    cat('\n')
}
```

我需要使用不同的参数自动生成许多报告，因此我需要使用 render() 来实现这一点。

Answer 1

这取决于查看器的检测方式。
要检查这个：

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title: "Check viewer"
output: html_document
---

```{r viewer, echo=FALSE}
getOption("viewer")
``` 

带有knit按钮：

Check viewer
## NULL

与rmarkdown::render:

Check viewer

## function (url, height = NULL) 
## {
##     if (!is.character(url) || (length(url) != 1)) 
##         stop("url must be a single element character vector.", 
##             call. = FALSE)
##     if (identical(height, "maximize")) 
##         height <- -1
##     if (!is.null(height) && (!is.numeric(height) || (length(height) != 
##         1))) 
##         stop("height must be a single element numeric vector or 'maximize'.", 
##             call. = FALSE)
##     invisible(.Call("rs_viewer", url, height, PACKAGE = "(embedding)"))
## }
## <environment: 0x0000020ccb7f26d8>

knit 按钮在没有定义查看器的环境中执行渲染，而 RStudio 控制台中的rmardown::render 使用交互式查看器。

htmlTable 允许设置options(htmlTable.cat = TRUE)，以便print 工作，即不使用交互式查看器，请参阅?htmlTable::htmlTable。

打印函数依赖于 [base::interactive()] 函数 用于确定是否应将输出发送到浏览器或终端。 在小插图和其他直接编织的文档中，您可能需要设置 useViewer = FALSE 或者设置options(htmlTable.cat = TRUE)。

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output: html_document
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## htmlTables


```{r, results='asis'}
options(htmlTable.cat = TRUE)
library(data.table)
library(htmlTable)
library(ggplot2)
a <- data.table(matrix(seq(1, 100, 5), ncol = 2))
htmlTable(a)
for (i in 10:11) {
    cat( paste('## title no.', i, '\n' ) ) 
    print(ggplot(a*i, aes(x = V1, y = V2)) + geom_point())
    print(htmlTable(a*i))
    cat('\n')
}
```

Answer 2

htmlTable 定义了一个print 方法，它似乎在新窗口中打印表格，将print() 更改为writeLines() 即可：

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output: html_document
---

## htmlTables


```{r, results='asis'}
library(data.table)
library(htmlTable)
library(ggplot2)
a <- data.table(matrix(seq(1, 100, 5), ncol = 2))
htmlTable(a)
for (i in 10:11) {
    cat( paste('## title no.', i, '\n' ) ) 
    print(ggplot(a*i, aes(x = V1, y = V2)) + geom_point())
    writeLines(htmlTable(a*i))
    cat('\n')
}
```

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但是对我来说仍然有点奇怪，因为我相信 knit 按钮在后台使用 rmarkdown::render() 但在这种情况下它们具有不同的行为。