RMongo 安装失败并在 Ubuntu 中出现分段错误答案

【问题标题】：RMongo installation fails with Segmentation Fault in UbuntuRMongo 安装失败并在 Ubuntu 中出现分段错误
【发布时间】：2017-06-21 19:21:28
【问题描述】：

过去几个小时我一直在尝试安装具有以下输出的 RMongo 软件包：

> install.packages("RMongo")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'https://repo.bppt.go.id/cran/src/contrib/RMongo_0.0.25.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4169519 bytes (4.0 MB)
==================================================
downloaded 4.0 MB

* installing *source* package ‘RMongo’ ...
** package ‘RMongo’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
Segmentation fault (core dumped)
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RMongo’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpHZoomn/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("RMongo") :
  installation of package ‘RMongo’ had non-zero exit status

我在尝试安装 xlsx 时也发现了同样的错误。

我不知道过去的发行版发生了什么变化，因为我在 Ubuntu 16.04.2 和 Ubuntu 17.04 上尝试过，结果相同。

这是对 Ubuntu 16.04.2 发行版中 R 环境的描述：

> sessionInfo()
R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=es_ES.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=es_ES.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=es_ES.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.0 tools_3.4.0    tcltk_3.4.0

知道会发生什么吗？

【问题讨论】：

标签： r ubuntu linux-kernel segmentation-fault rjava

【解决方案1】：

linux-image-3.13.0-121-generic 和 linux-image-4.4.0-81-generic 包含对 Stack Clash vulnerability 的修复。

小心内核更新，它修复了这个漏洞。当前的补丁破坏了许多 java（sun/oracle 和 openjdk）应用程序。见Bug #1699772: linux-image-4.4.0-81-generic, linux-image-3.13.0-121-generic Regression: many user-space apps crashing。解决方案是使用旧内核（Trusty 中的 linux-image-3.13.0-119-generic）临时重启系统。

Ubuntu 内核开发者will prepare new patch in a few days.

更新： 最新更新（至少 image-4.4.0-83-generic、linux-image-4.8.0-58-generic、linux-image-4.10.0-26-generic ) 修复此漏洞和用户空间程序的问题。

【讨论】：

上次内核更新后，从4.4.0-81到4.4.0-83，问题已经修复。

【解决方案2】：

这并不能解决我在使用 RMongo 时遇到的问题，但为我解决了问题，所以我希望它有用。

我继续进行一些测试。由于这个问题是在 RMongo 突然停止工作时开始出现的，并且考虑到我有一个类似的安装可以正常工作，所以我开始比较这两个环境。

我已经检查过，在出现故障的系统中，执行了一些软件更新（您可以在下面检查它们）：

The following NEW packages will be installed
  libmircommon7 libmircore1 linux-headers-4.4.0-81 linux-headers-4.4.0-81-generic linux-image-4.4.0-81-generic
  linux-image-extra-4.4.0-81-generic
The following packages will be upgraded:
  click firefox firefox-locale-en flashplugin-installer gir1.2-click-0.4 google-chrome-stable grub-common grub-pc
  grub-pc-bin grub2-common libc-bin libc-dev-bin libc6 libc6:i386 libc6-dbg libc6-dev libclick-0.4-0 libepoxy0
  libgnutls-openssl27 libgnutls30 libmirclient9 libmircookie2 libmirprotobuf3 libmwaw-0.3-3 libnss3 libnss3-nssdb
  libqt5concurrent5 libqt5core5a libqt5dbus5 libqt5gui5 libqt5network5 libqt5opengl5 libqt5printsupport5 libqt5sql5
  libqt5sql5-sqlite libqt5test5 libqt5widgets5 libqt5xml5 libssl-dev libssl-doc libssl1.0.0 libvlc5 libvlccore8
  libzzip-0-13 linux-firmware linux-headers-generic linux-image-generic linux-libc-dev locales multiarch-support
  openssl python3-click-package vlc vlc-data vlc-nox vlc-plugin-notify vlc-plugin-samba

所以，我一一检查了这个包，发现问题的根源是新内核4.4.0-81。

为了确定这是问题的根源，我使用 Ubuntu 发行版启动了我笔记本电脑中的先前版本的内核：4.4.0-79

这是安装的结果：

> install.packages("RMongo")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'https://pbil.univ-lyon1.fr/CRAN/src/contrib/RMongo_0.0.25.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4169519 bytes (4.0 MB)
==================================================
downloaded 4.0 MB

* installing *source* package ‘RMongo’ ...
** package ‘RMongo’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (RMongo)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpJScKfz/downloaded_packages’
> install.packages("xlsx")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://pbil.univ-lyon1.fr/CRAN/src/contrib/xlsx_0.5.7.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 312839 bytes (305 KB)
==================================================
downloaded 305 KB

* installing *source* package ‘xlsx’ ...
** package ‘xlsx’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (xlsx)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpJScKfz/downloaded_packages’

xlsx 和 RMongo 两个软件包现在都已成功安装并可以正常工作。

我也查过xlsx和RMongo的关系，怕是下面的问题是rJava（共同依赖） .事实上，为了确定这一点，我已经使用其他依赖于 rJava 的包（RWeka）进行了测试，我遇到了同样的问题，在更改内核版本后解决了。

== 更新 ==

在上次内核更新后，从 4.4.0-81 到 4.4.0-83，问题已得到修复。

【讨论】：

【解决方案3】：

在内核为 3.13.0-121-generic 的 Ubuntu 14.04 LTS 中出现同样的问题（至少对于包“xlsx”）。使用以前的内核（3.13.0-119-generic）启动时，安装工作正常并加载库。

更新：问题似乎在 Ubuntu 14.04 LTS 中由新内核 3.13.0-123-generic 解决

【讨论】：

Debian 和内核 4.9.0-3-amd64 也是如此。