使用 knitr 时如何打印到控制台？答案

【问题标题】：How can I print to the console when using knitr?使用 knitr 时如何打印到控制台？
【发布时间】：2016-09-01 21:00:33
【问题描述】：

我正在尝试打印到控制台（或输出窗口）以进行调试。例如：

\documentclass{article}

\begin{document}

<<foo>>=
print(getwd())
message(getwd())
message("ERROR:")
cat(getwd(), file=stderr())
not_a_command() # Does not throw an error?
stop("Why doesn't this throw an error?")
@


\end{document}

我在输出 PDF 中得到了结果，但我的问题是我的脚本未完成（因此没有要检查的输出 PDF），我试图了解原因。如果编织没有成功完成，也似乎没有日志文件输出。

我正在使用 knitr 1.13 和 Rstudio 0.99.896。

编辑：如果我更改为 Sweave，上面的代码将正确输出（并中断），所以这让我认为这是一个 knitr 问题。

【问题讨论】：

这是一个有用的解决方法，感谢@CL。 !
您仍然可以一次运行一段代码或一次运行一行代码。由于您使用的是 RStudio，因此有用于运行当前块、下一个块、所有块的热键（代码 > 运行区域）。

标签： r rstudio knitr

【解决方案1】：

这个问题有几个方面 - 部分是XY problem。核心问题是（当我读到它时）：

如果knitr 失败并且没有生成输出文件，我如何查看问题所在？

在 PDF 输出的情况下，经常出现错误后编译输出 PDF 会失败，但仍有中间 TEX 文件。打开此文件可能会显示错误消息。
As suggested by Gregor，您可以在控制台中逐行（或逐块）运行块中的代码。但是，这可能不会重现所有问题，尤其是与工作目录或环境相关的问题。
capture.output 可用于将调试信息打印到外部文件。
最后（与我之前的评论相反），是可以在 RStudio 的进度窗口上打印（或者无论如何调用它）：来自钩子的消息将打印在进度窗口。基本上，消息必须来自knitr 本身，而不是来自knitr 评估的代码。

如何在 RStudio 的进度窗口中打印调试信息？

以下示例在每个带有debug = TRUE 的块之后打印环境中的所有对象：

\documentclass{article}

\begin{document}

<<>>=
knitr::knit_hooks$set(debug = function(before, options, envir) {
  if (!before) {
    message(
      paste(names(envir), as.list(envir),
            sep = " = ", collapse = "\n"))
  }
})
@

<<debug = TRUE>>=
a <- 5
foo <- "bar"
@

\end{document}

进度窗口显示：

当然，对于具有更多或更大对象的文档，应调整挂钩以选择性地打印（部分）对象。

【讨论】：