【问题标题】:why this error appears "all scheduled cores encountered errors in user code" is it related to core processor of servers?为什么这个错误出现“所有计划的核心在用户代码中遇到错误”是它与服务器的核心处理器有关吗?
【发布时间】:2017-06-18 04:41:24
【问题描述】:

我们正在分析测序数据,同时过滤和修剪 fastq 文件时遇到以下错误。以下错误是因为核心无法处理命令吗?

colnames<-(*tmp*, value = c("cs103_R1_dada.fastq", "cs110_R1_dada.fastq", 中的错误:尝试在小于二维的对象上设置“colnames”另外:警告消息:在 mclapply(seq_len(n), do_one, mc.preschedule = mc.preschedule, : 所有调度的核心在用户代码中遇到错误 >

【问题讨论】:

  • 我刚刚解决了我的类似问题“所有计划的核心在用户代码中遇到错误”。经过一段时间的调查,我在mclapply 函数中发现了一个错误。修复代码错误后,此错误消息消失了。所以,我建议你仔细检查你的代码。

标签: mclapply


【解决方案1】:

正如 pengchy 所说,功能可能有问题。 使用 lapply 尝试相同的调用,错误消息将提供更多信息。

【讨论】:

    【解决方案2】:

    澄清@f2003596 和@HelloWorld 所说的:这只是意味着在您调用的函数中发生了崩溃,即在它执行该函数时。但这并不一定意味着您的功能不正确。例如,当未找到变量时,您会收到相同的错误。

    【讨论】:

      【解决方案3】:

      这意味着你的 R 函数崩溃了。

      【讨论】:

        【解决方案4】:

        注意:如果您在 mclapply 中包含意外参数,您也会收到此错误消息。我错误地将 mC.cores 而不是 mc.cores 放入了,我明白了。

        【讨论】:

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