当文件名可变时，将文件中的代码包含到 RMarkdown 中

Question

我想在 RMarkdown 中有一个 R 块，其中包含来自外部文件的代码。

我想包含该文件，而不是直接嵌入其内容，因为外部文件包含在各种项目和脚本之间共享的代码，并且我想确保每个程序都使用最新版本。 code = ... 块选项就是为此而设计的。

以下方法效果很好如果我编织了整个文档。但是，如果我尝试在 Rstudio 中运行各个块（在开发过程中需要），我会收到错误 "Error in readLines(include_file) : object 'include_file' not found"。

如何让它工作，以便我可以在 Rstudio 中运行块？

可重现的例子：

首先创建一些包含文件

write_lines("x = 1", 'include_1.r')
write_lines("x = 2", 'include_2.r')
write_lines("x = 3", 'include_3.r')
write_lines("x = 4", 'include_4.r')

然后将以下内容放入一个.Rmd文件中

---
title: "Untitled"
output: html_document
---

```{r setup}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
include_file = list.files(pattern = '^include_.+[Rr]$')
include_file = include_file[which.max(file.info(include_file)$mtime)]
```

I want to embed an R code from a file like this:

```{r, code = readLines(include_file)}
```

Then use the objects from the include file

```{r}
print(x)
```

这是我编织整个文档时输出的样子

Answer 1

假设你有一个文件source.R，内容如下：

# first code chunk to be included
## @knitr cc_1
var1 <- runif(10)
var2 <- runif(10)
tmp <- sum(var1)
## @knitr end_cc_1

# second code chunk to be included
## @knitr cc_2
prod(var1, var2)
## @knitr end_cc_2

那么你首先要读取文件：

```{r}
knitr::read_chunk("source.R")
```

然后你可以像这样从源文件中调用代码块：

```{r}
<<cc_1>>
print(tmp)
<<cc_2>>
```

请注意，所有内容都可以在同一个代码块中，但 read_chunk() 必须在 <<cc_1>> 之前调用，在这种情况下 <<cc_2>> 需要 tmp <<cc_1>> 必须在 <<cc_2>> 之前调用。

顺便说一句，如果你想默默地评估一堆代码，你可以使用include = FALSE， 例如

```{r include = FALSE}
<<cc_1>>
```

然后，您可以调用<<cc_1>> 的元素，例如

```{r}
print(tmp)
```