【发布时间】:2015-12-17 22:45:48
【问题描述】:
有谁知道如何将 png 图像从(工作)目录导入/上传到 RStudio Notebook 脚本中?我喜欢将它包含在 Notebook 的 HTML 输出中。 Rmarkdown (http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_basics.html) 中建议的脚本在 Notebook 中不起作用。
这是我使用/创建的一些代码:
#' Plot pathways using the bioconductor *pathview* package. Five *.png images are placed in the working directory by default.
>p <- pathview(gene.data=foldchanges, pathway.id=keggresids, species="hsa"))
>str(p)
'str(p)' 的日志是 5 个列表(每个通路一个),每个列表由一个带有 10 个变量的 data.frame plot.data.gene 和一个 plot.data.cpd: NULL 组成>
可以使用路径视图小插图 (https://www.bioconductor.org/packages/3.3/bioc/vignettes/pathview/inst/doc/pathview.pdf) 的第 3-6 页上的示例。
由于图像被打印到工作目录,它不会显示在我的笔记本 HTML 中。有没有办法将图像导入回文档中,以便呈现到 HTML 文档中?我不是在 Markdown 文档中工作,而是在一个常规的 R 脚本中,我通过选择(或 ctrl+shift+K)上的 Notebook 图标编译成 HTML Notebook,因此以下 Markdown 脚本将不起作用:

有什么建议吗?
【问题讨论】:
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我只尝试了Rmarkdown的建议,没有其他想法
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请发布您到目前为止所尝试的内容,因为不清楚您在问什么。作为一般经验法则,除了极少数例外,每个 SO 问题都应该包括代码和数据,如果需要执行的话。这两次反对票几乎肯定是由于缺少代码而引发的。
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已添加代码。谢谢迈克。
标签: r image rstudio r-markdown