【问题标题】:Installing Biomethyl package R Untar2 error安装 Biomethyl 包 R Untar2 错误
【发布时间】:2019-07-02 06:59:22
【问题描述】:

我正在尝试安装 Biomethyl 软件包,作为我正在从事的生物信息学实习的一部分。但是我似乎无法正确安装软件包。在过去几天寻找答案并失败后,我求助于你们。 总的来说,我似乎无法修复的错误是 untar2 错误(如下所示)

我尝试了各种各样的解决方案,但都没有奏效。 尝试过的非编码解决方案如下:

i) 更改包的目录,位置范围从桌面到文档,以及在 R 文件夹本身中

ii) 完全卸载 R 和 RStudio 并重新下载包

iii)手动提取包的组件(惨败)

iv) 联系创建者后,我发现我的 R (3.6) 版本不是问题所在。然而,这个问题似乎对我自己来说是孤立的,因为他没有从其他用户那里听说过类似的问题。通过这次互动,我也相信下载的文件没有问题。

v)禁用所有其他可能干扰创建或添加文件的计算机功能,基本上禁用了我的 BitDefender,即使所有适当的授权都已授予 R 和 Rstudio。

至于代码,这是创建者的 github (https://github.com/yuewangpanda/BioMethyl) 提供的应该工作的代码

> install.packages("C:/Users/yohan/OneDrive/Documents/R/BioMethyl-master/BioMethyl_1.1.tar.gz", repos = NULL)

导致以下错误

> install.packages("C:/Users/yohan/OneDrive/Documents/R/BioMethyl-master/BioMethyl_1.1.tar.gz", repos = NULL)
Installing package into ‘C:/Users/yohan/OneDrive/Documents/R/win-library/3.6’
(as ‘lib’ is unspecified)

Error in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) : 
  incomplete block on file
Warning in install.packages :
  installation of package ‘C:/Users/yohan/OneDrive/Documents/R/BioMethyl-master/BioMethyl_1.1.tar.gz’ had non-zero exit status

除此之外,我尝试交换斜线,将它们加倍,反转它们的方向(前斜线而不是反斜线)。

我还尝试添加导致相同错误的 type="source"。

另外,我尝试将代码直接运行到控制台中,再次,它不起作用。

最后,我尝试直接从 github 存储库而不是从下载的文件安装它,但由于 github 存储库的隐私限制,这是不可能的。

提前感谢您的帮助,另外,如果问题格式有任何问题,请告诉我,我会相应地进行编辑。

附加信息:

操作系统:Windows 10

R 版本:

> version
               _                           
platform       x86_64-w64-mingw32          
arch           x86_64                      
os             mingw32                     
system         x86_64, mingw32             
status                                     
major          3                           
minor          6.0                         
year           2019                        
month          04                          
day            26                          
svn rev        76424                       
language       R                           
version.string R version 3.6.0 (2019-04-26)
nickname       Planting of a Tree  

【问题讨论】:

    标签: installation package rstudio


    【解决方案1】:

    我终于弄明白了,我会在这里留下答案,以防其他人遇到这个问题。

    问题似乎是下载整个存储库,如果您下载解压缩格式的 .tar.gz 文件,它会起作用(至少它对我有用)

    这是我下载适用于我的文件副本的确切链接。

    https://github.com/yuewangpanda/BioMethyl/blob/ffcba473a3b12a159ce2dfdaf63c4f63d84b40ef/BioMethyl_1.1.tar.gz

    祝你好运

    Y.Lefol

    【讨论】:

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