knit HTML 不会将 html 保存在 vignettes/

Question

所以我有一个小插曲，vignettes/test-vignette3.Rmd:

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title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    highlight: kate
    theme: spacelab
    toc: yes
  pdf_document:
    toc: yes
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Header
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当我点击knit HTML 按钮时，我得到以下信息：

processing file: test-vignette3.Rmd
output file: test-vignette3.knit.md


Output created: /tmp/RtmpKVpegL/preview-5ef42271c0d5.dir/test-vignette3.html

但是，如果我将此文件复制到 inst/doc 并点击 knit HTML 按钮，我会得到：

processing file: test-vignette3.Rmd
output file: test-vignette3.knit.md


Output created: test-vignette3.html

我的问题是：

1. 如何让 RStudio 将 knit HTML 上的 vignettes/test-vignette3.Rmw 的输出保存到 vignettes 目录？
2. 如何让 RStudio 在knit HTML 过程中不删除test-vignette3.knit.md？ （我想要 .md 以便人们可以在我的 github 存储库上阅读它。）

我正在运行 RStudio 版本 0.98.836、rmarkdown 版本 0.1.98 和 knitr 版本 1.5。

Answer 1

实际上你应该不将.html 输出保留在vignettes/ 下，因为小插图输出应该由R CMD build 生成。如果在构建源包时 HTML 输出文件已经存在，R 可能无法重新编译您的小插图，这意味着您可能会看到旧的（并且可能是错误的）结果，因为 HTML 文件不是从最新版本的.Rmd 文件。因此，RStudio 有意避免在 vignetttes 目录中写入 HTML 文件。

如果您选择忽略上述警告，您当然可以在 R 控制台中运行 rmarkdown::render('your-vignette.Rmd')。

对于第二个问题，我也不建议你这样做，因为 Github 以不同的方式将 markdown 呈现为 HTML（与通过 rmarkdown 包完成的 Pandoc 转换相比）。通常，包装小插图显示在 CRAN 上，例如，参见 CRAN 上的the knitr page。但是，因为 rmarkdown 包还没有在 CRAN 上，所以你现在不能使用 vignette 引擎knitr::rmarkdown（我想我们现在离 CRAN 版本不远了）。不过，您可以考虑将 HTML 文件推送到 Github 页面。