从另一个包导入 S3 方法

Question

我正在尝试从另一个包 pls 导入 S3 方法 predict。我有一个使用这些预测值的函数。问题是，编译包时：

Error : object 'predict' is not exported by 'namespace:pls'

我将this Gist 放在一起作为一个最小示例，它突出了我的问题并包含以下 R 文件：

#' Test function
#' 
#' @importFrom pls predict
#' 
#' @export

myfunc <- function(x){
  stopifnot(class(x) == "mvr")
  predict(x)*2
}

Answer 1

总结一下，原来的（下）现在已经过时了，并且在某些地方有错误或误导性。

最近的问题是 pls 包中没有名为 predict 的函数； predict 有一些未导出的 S3 方法，但没有这样的 predict。所以你不能导入这个。 predict 泛型位于 stats 包中，您需要从那里导入，如下所述。

您的包需要在DESCRIPTION 中包含Depends: pls，以便R 可以使用正确的predict 方法。pls 中没有可以专门导入的内容。 p>

您还需要从 stats 命名空间导入 predict 泛型，所以添加

#' @importFrom stats predict

因为这将在你的包命名空间中导入泛型。您还需要将Imports: stats 添加到您的DESCRIPTION 文件中，以表明您需要stats 包；以前，我们不必声明对 R 附带的一组基础包（即 R 附带的非推荐包）的依赖关系。

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原创

这里的主要问题是 pls 没有定义函数/方法predict。它为predict 泛型提供了几种方法，但不提供泛型本身。

如果需要，您需要从 stats 包中导入泛型 - 我不确定您是否这样做，因为您没有创建需要或构建在泛型之上的函数。至少你需要

#' @importFrom stats predict

尽管您可能需要/想要导入整个 stats 命名空间 - 取决于您的包在您当前正在处理的功能之外做什么。

另一个问题是predict.mvr 不是从 pls 命名空间中导出

> require(pls)
Loading required package: pls

Attaching package: ‘pls’

The following object(s) are masked from ‘package:stats’:

    loadings

> predict.mvr
Error: object 'predict.mvr' not found
> pls::predict.mvr
Error: 'predict.mvr' is not an exported object from 'namespace:pls'
> pls:::predict.mvr
function (object, newdata, ncomp = 1:object$ncomp, comps, type = c("response", 
    "scores"), na.action = na.pass, ...) 

因此，您不能只导入它。因此，您的包需要在 DESCRIPTION 中包含 Depends: pls 才能找到正确的 predict 方法。