在 ubuntu 8.10 上安装 R 包

Question

前言：我是一个os x用户来linux，所以请提前原谅我的无知

我已经使用 synaptic 安装了 R，现在我正在尝试安装软件包。

我打开 R 然后尝试

install.packages("some_package")

系统尝试默认为/site-library，然后告诉我它不可写，然后询问是否制作个人库？

我应该让站点库可写吗？或者还有什么其他的？

Answer 1

目录/usr/share/local/lib/R是默认位置；该目录默认拥有所有权root:staff。如果您将自己添加到组staff（最简单：通过编辑/etc/group 和/etc/gshadow），您可以在那里写，并且您不需要sudo 安装软件包的权力。我就是这么做的。

或者，执行apt-get install littler 并将示例文件/usr/share/doc/littler/examples/install.r 复制到/usr/local/bin 和chmod 755 它。你可以直接sudo install.r lattice ggplot2 举两个流行的例子。

顺便说一句，Ubuntu 8.1 不作为一个版本存在。也许你的意思是 8.10？考虑升级到 9.10 ...

编辑：也可以看看this recent SO question。

Answer 2

我遇到了同样的问题。最方便的方法是以超级用户身份启动 R。

须藤

之后，install.packages("some package") 应该可以工作了。

Answer 3

如果你是唯一需要这些包的用户，那么最简单、最简洁的方法就是让 R 为你创建一个个人库。这样你就不需要弄乱包管理系统管理的系统目录了。

在 Ubuntu 中安装 一些 包的另一种方法是查找名称类似于 r-cran-* 的 Ubuntu 包。这样您就不必担心依赖关系，所有用户都可以使用这些包，并且更新由 Ubuntu 包管理系统负责。但是只有一小部分 CRAN 包可以通过这种方式获得，您可能无法获得最新版本。

Answer 4

好吧，我更喜欢将软件包安装到本地 R 文件夹 ~/R/，但这只是个人喜好的问题...您也可以授予自己对默认库的写入权限，这没有任何区别。

请务必添加最新的软件包。默认存储库中可用的那些包已经很老了。 R v.2.9.0 在 9.10 中默认可用，而 v.2.10.1 现在可用。 所以保持最新，将此行添加到文件/etc/apt/sources.list（将<text>替换为CRAN服务器地址，您可以在www.r-project.org > CRAN > Linux > Ubuntu上找到服务器地址）：

deb http://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu karmic/

然后在终端运行这一行：

gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821 && gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -

如果密钥导入正确，运行：

sudo apt-get install r-base-core

或者如果你已经安装了 R，运行：

sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

您还应该检查alias 函数（在终端中尝试man alias）以自动执行重复性任务...在终端中感觉很舒服，Synaptic 确实是一个很好的工具，但大多数 Linux 用户更喜欢命令行方法很好的理由 - 它是高度可定制的 =)

我建议您坚持使用一台服务器（在选择默认服务器时建议您 - 我更喜欢 UCLA 的服务器，伯克利工作得很好，主服务器通常很忙......所以那里......）

或者，您可以将默认 CRAN 服务器添加到 .First() 函数：

# replace '<server address>'

.First() <- function() {
options("repos" = c(CRAN = "<my.favorite.cran.mirror>"))
}

现在您可以输入：

> install.packages('<somepackage>')

您将失去无聊的 Tcl/Tk 服务器列表窗口！哦，真是一种解脱！

欢迎来到 Ubuntu！
干杯，伙计！