如何在 R 包中加载依赖项？答案

【问题标题】：How can I load dependencies in an R package?如何在 R 包中加载依赖项？
【发布时间】：2017-09-18 23:01:43
【问题描述】：

我正在开发一个 R 包，可以在 DESCRIPTIONS 文件中找到它

Imports: 
    dplyr,
    ggplot2,
    ncdf4

我有一个使用第三个依赖项的示例函数

testFun <- function(file, lat, long){
  ncfname <- file.path(file,fsep = .Platform$file.sep)
  xfile <- nc_open(ncfname) #Opens the NetCDF file
  lat <- ncvar_get(xfile, 'lat') #Extracts all latitudes

  ...Calculations

  return(XYZ)
}

当我Build and Reload 包并运行该函数时，它是could not find function "nc_open"。

但是，当我用 ncdf4::nc_open 替换它时它可以工作

我应该在代码中使用的每个依赖项前加上 packagename:: 前缀吗？还是我错过了什么？

通常，我希望从DESCRIPTIONS 安装所有依赖项，并且它的功能可以使用，而无需每次都需要包前缀。

【问题讨论】：

标签： r package cran

【解决方案1】：

要么：

明确地在函数前面加上它来自的包：ncdf4::nc_open(...)

或者：

在您的 NAMESPACE 文件中添加一行 importFrom(ncdf4, nc_open)，然后在您的代码中，调用不带包的函数：nc_open(...)

除了为要导入的每个函数添加 importFrom 行之外，您还可以使用 import(ncdf4) 来获取该包中的所有内容。

【讨论】：

我认为显式前缀甚至可能有助于代码清晰。所以我会保持简单并坚持下去。我不想维护另一个进口清单。
您不需要为每个函数提供importFrom()，每个包只需要一个：importFrom(ncdf4, nc_open, nc_close, nc_foo, nc_bar)。
@hong 导入部分包与整个包相比有什么好处？无论如何都重要吗？我可以只做 import() 而不必担心 importFrom 但我想知道它在计算、大小等方面的影响。
我插入了 import(ggplot2)、重建、重新启动等，但似乎没有影响。而且错误和以前一样。有什么想法吗？

【解决方案2】：

最简单也是最正确的方法是直接从包中提取你的函数，而不打开任何可能会破坏某人当前环境的包。

试试这个：

xfile <- ncdf4::nc_open(ncfname)

它应该可以访问您需要的内容而不会发生冲突。这是当前首选的方法，因为它会为您的用户留下找到的东西。它还让人们很容易知道他们应该去探索会发生什么。

【讨论】：

如果可能的话，我想立即提供参考。它在任何文档中都可用吗？这看起来很麻烦，但更安全。
转到 Hadley WIckam 的网站 r-pkgs.had.co.nz/namespace.html，它清楚地指出，除非您使用的大部分包（如许多数据库包，其功能 OVER DBI 执行）都首选 ::。