通过 Shiny 将图片上传到 knitr 文档

Question

我正在使用 Shiny 和 knitr 的组合来创建 PDF 文档。

目前我想添加允许用户上传将放置在创建的文档中的图片的功能。但是，我真的卡住了，因为我无法获取输入图片的路径。有人可以帮我吗？

简单示例：

应用：

library(knitr)
library(shiny)

ui <- fluidPage(

  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      fileInput("picture", label = 'Picture'),
      downloadButton('report', label = 'Download PDF')
      ),

    mainPanel()
  )
)

server <- function(input,output){

  picture <-  reactive({
    input$picture[,4]
  })

  output$report = downloadHandler(
    filename = "test.pdf",

    content = function(file){
      picture = picture()

    out = knit2pdf(input = 'test.Rnw', compiler = 'xelatex', clean = TRUE)
    file.rename(out, file) 
    },

    contentType = 'application/pdf'
  )
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

还有.Rnw 文档：

\documentclass{article}

\begin{document}

Put picture here:
<<echo = FALSE , message = F, results='asis'>>=
cat(paste('\\includegraphics[height=3in]{', picture,'}'))
@

\end{document}

部分'\includegraphics[height=3in]{', picture,'}显然是造成问题的原因，因为我不知道图片路径只是临时的一个。

Answer 1

你说你在使用 Shiny Server，那么你应该对图片的完整路径没问题，即使它在临时目录中（因为目前 Shiny Server 只适用于 Linux，而 LaTeX 应该适用于 Linux像/tmp/...../yourfile.png这样的文件路径）。问题可能是datapath（即input$picture[, 4]）没有文件扩展名，所以LaTeX 无法识别它。您可以尝试检索原始文件的文件扩展名，并将上传的图片复制到具有相同扩展名的临时文件中，例如

picture <- reactive({
  path1 <- input$picture$datapath
  path2 <- tempfile(fileext = gsub('^(.*)([.].+)$', '\\2', input$picture$name))
  file.copy(path1, path2, overwrite = TRUE)
  path2
})

Answer 2

我从两个方面看到了解决方案：

1) 将临时文件复制到您选择的文件夹并使用该图像：

observe({
        if (is.null(input$picture)) return()
        picture<-"your/final/path/to/disk/uploadImage.jpg" # OR do a PASTE with the PATH and the upload file name
        file.copy(input$picture$datapath, picture)
        if(file.exists(picture)){
          # PROCESS THE IMAGE IF NEEDED
        }
        picture<<-picture # sometimes needed to R to see the variable outside the observe scope
 })

2) 如果您（在本例中为 R 会话）不允许写入磁盘，您可以将图像转换为 base64 变量并将其包含到您的 Knitr 文档中（或将其作为字符串保存到数据库中）。如果您愿意绕道而行，这将采用 Knitr/HTML 路线。 （从服务器运行的 R Studio 在读/写方面几乎总是有很多限制，您只能作为管理员处理。并且服务器以 RStudio 而不是您运行闪亮会话，因此 Rstudio 必须具有所需的读/写权限，如果您将 Shiny 应用程序作为自动 Rstudio Shiny 会话运行，而不是使用 RUN 直接从 RStudio 运行）

使用 '

您应该通过以下网站深入了解 (base64)：

https://github.com/yihui/knitr/issues/944

https://github.com/yihui/knitr/blob/master/R/utils-base64.R