加载 .Rprofile 时在 R 上安装包失败答案

【问题标题】：Installing packages on R fails when loading .Rprofile加载 .Rprofile 时在 R 上安装包失败
【发布时间】：2013-08-14 19:42:51
【问题描述】：

当我尝试在 R 中安装软件包时，如果我的 .Rprofile 已加载，安装几乎总是会失败。但是，当我使用 --vanilla 标志加载 R 时，我可以毫无问题地安装软件包。这是有问题的 R 会话的输出。我认为困难与我在.Rprofile 中的.First() 函数或历史文件有关。 My Rprofile file is here.

$ install.packages("SuppDists")
Installing package into ‘/home/lmullen/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.cnr.Berkeley.edu/src/contrib/SuppDists_1.1-9.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 140784 bytes (137 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 137 Kb

Loading required package: stats
Loading required package: sp
rgeos version: 0.2-19, (SVN revision 394)
 GEOS runtime version: 3.3.3-CAPI-1.7.4 
 Polygon checking: TRUE 

rgdal: version: 0.8-10, (SVN revision 478)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 1.9.0, released 2011/12/29
Path to GDAL shared files: /usr/share/gdal/1.9
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.7.1, 23 September 2009, [PJ_VERSION: 470]
Path to PROJ.4 shared files: (autodetected)
Error in .External2(C_loadhistory, file) : no history mechanism available
Calls: .First -> <Anonymous>
Execution halted

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpX42EEZ/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("SuppDists") :
  installation of package ‘SuppDists’ had non-zero exit status

有谁知道问题出在哪里？

【问题讨论】：

您是否尝试删除 .First 函数以查看是否有帮助？
我也只建议在交互式会话中加载任何包 - 通常，我建议不要加载任何包，因为它会导致不可重现的代码
@Dason：我尝试删除 .First 函数，关于历史记录的错误消息消失了，但软件包仍然没有安装。
@hadley：感谢您的建议。我完全同意加载包。我总是通过带有 --vanilla 标志的非交互式会话运行代码。但我采纳了你的建议，将所有包加载移到了检查会话是否是交互式的函数中。

标签： r install.packages

【解决方案1】：

Henrik 在 R-devel 邮件列表中给了我答案：

使用

if (interactive()) utils::loadhistory(file = "~/.Rhistory")

应该可以解决您的问题。原因是install.packages() 在 turn 启动一个非交互式子 R 进程，该进程安装包裹。当该进程加载您的启动文件时，它会失败，因为该功能只能在交互模式下使用。

【讨论】：

这里是Henrik's answer on R-devel mailing list的链接

【解决方案2】：

我发现了我的.Rprofile 中导致问题的行，但我不知道它们为什么会导致问题。 .First 和 .Last 函数是：

.First <- function() {
  utils:::loadhistory(file = "~/.Rhistory")
  cat("\nSuccessfully loaded .Rprofile at", date(), "\n\n")
}

.Last <- function() {
  utils:::savehistory(file = "~/.Rhistory")
}

注释掉关于保存和加载历史记录的行让我安装包。

【讨论】：

还是不知道是什么原因造成的？
知道了，看我的回答

【解决方案3】：

在 Ubunto 中：

感谢@hugo-raguet，我从 R 外部安装它并且运行良好：

sudo apt-get -y install build-essential
sudo apt-get -y install r-cran-igraph

我相信以后在 R 中不需要安装 igraph。

【讨论】：