如何知道 R 包依赖于哪些 linux 库？ [关闭]答案

【问题标题】：How to know which linux libraries an R package depends on? [closed]如何知道 R 包依赖于哪些 linux 库？ [关闭]
【发布时间】：2019-02-02 01:15:50
【问题描述】：

我在 R 中做一些依赖于包 ldatuning 的工作。我设置了包并在我的本地 Windows 机器上运行了一个脚本。看起来它需要一段时间才能运行，所以我在云中启动了一个 Linux VM（Ubuntu 16.06）来运行脚本。我尝试使用install.packages('ldatuning') 在 R 中设置环境，但出现了很多错误。经过一番挖掘，我意识到ldatuning 所依赖的一些 R 包也依赖于 Linux 库。事实上，有三个不同的包依赖于一个 Linux 库。在每种情况下，我都必须搜索堆栈溢出，并且总是找到像this one 或this one 这样的简短答案。那么回答这些问题的人是如何知道要安装哪些库的呢？我知道经常有 R 包直接依赖于 Linux 库，但我怎么能提前知道我需要的确切 Linux 库呢？例如，对于 R 库 gmp，我的猜测是尝试 sudo apt-get install gmp，但这不起作用 - 它是 sudo apt-get install libgmp3-dev。我怎么知道R包gmp依赖libgmp3-dev？

【问题讨论】：

标签： r linux

【解决方案1】：

不幸的是，目前还没有一种很好的、完整的、统一的方法来处理这个问题。为此，一个很棒的项目是https://github.com/r-hub/sysreqsdb，您绝对应该查看它，并且可能会对您有所帮助。

另外，通常当你因为未满足系统依赖而安装包时出错时，部分安装输出会告诉你如何解决问题；例如，这是pdftools 安装失败的部分输出：

No package 'poppler-cpp' found
Using PKG_CFLAGS=-I/usr/include/poppler/cpp -I/usr/include/poppler
Using PKG_LIBS=-lpoppler-cpp
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because poppler-cpp was not found. Try installing:
 * deb: libpoppler-cpp-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: poppler-cpp-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: poppler_dev (Solaris)
 * brew: poppler (Mac OSX)
If poppler-cpp is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a poppler-cpp.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘pdftools’
* removing ‘/home/duckmayr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/pdftools’

但是，在某些情况下，这些方法仍无法解决您的问题。我总是会检查包的DESCRIPTION 和/或网站——他们经常在那里提到系统依赖项，也经常提到你可以从哪里获得依赖项，但并非总是如此。对于其余情况，您只需要希望幸运地在 Google 上搜索您的问题即可。

示例：`pdftools`

pdftools CRAN page（我通过谷歌搜索“r pdftools”找到）显示来自其说明的信息，包括

系统要求：Poppler C++ API：libpoppler-cpp-dev (deb) 或 poppler-cpp-devel (rpm)。单元测试还需要“poppler-data”包（rpm/deb）

因此，即使他们没有上述信息丰富的消息，我也可以通过这种方式找到它。

示例：`ldatuning`

如果您查看ldatuning CRAN page，您将看不到这样的条目。那是因为它没有任何系统依赖项——它的 R 包依赖项有。在这种情况下，您会查看哪个软件包安装失败（通过查看install.packages("ldatuning") 之后的输出来查看（听起来就像您的情况一样），Rmpfr 的安装失败。

所以，直接前往Rmpfr CRAN page 看看

系统要求：gmp (>= 4.2.3)、mpfr (>= 3.0.0)

这更有帮助，但不如pdftools 示例那么有用。但是，它也列出了

网址：http://rmpfr.r-forge.r-project.org/

然后，在那个页面上，我们看到

从源安装：需要 MPFR 和 GMP 库来自上述网页，或者更方便地来自您的 Linux 分发包系统：

Debian、Ubuntu 等。 . . . . . . .: sudo apt-get install libmpfr-dev
Fedora, Redhat, CentOS, (open)SuSE: sudo dnf install mpfr-devel

这应该让你排序。

【讨论】：

示例：pdftools

示例：ldatuning

示例：`pdftools`

示例：`ldatuning`