从 R 内部设置 LD_LIBRARY_PATH答案

【问题标题】：Setting LD_LIBRARY_PATH from inside R从 R 内部设置 LD_LIBRARY_PATH
【发布时间】：2017-01-05 20:58:26
【问题描述】：

我已经安装了一个 R 包，但是为了通过 library 加载它，需要将 LD_LIBRARY_PATH 设置为其中一个名为 libhts.so.2 的库所在的路径。只有在进入 R 之前编辑 LD_LIBRARY_PATH 时加载才有效，不是之后。

我尝试了几种不同的方法来解决这个问题：

两者都没有工作，在我看来，一旦 R 启动，就有一个变量存储 LD_LIBRARY_PATH 的结果。也许解决方案是编辑该变量。

【问题讨论】：

从R 内部调用Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH="/path/to/blah") 将改变任何未来子进程的环境，但不会改变R 本身的环境（可以通过ps e 看到）。不过，this post 似乎表明它有所作为，所以你可以试一试。
.. 或者Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH=paste("/path/to/blah", Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH"),sep=":")) ，以免破坏现有路径
设置环境变量有效！但是，库的加载不起作用...
编写 R 扩展的guide 说：在 Unix 上，用于解析动态链接的依赖库的路径在进程启动时是固定的（出于安全原因）（... )。恐怕这意味着您的问题无法解决：任何解决方案都将被视为安全风险......
我一定会读到的，但是我尝试了 dyn.load(path_to_library) 并且成功了！在您看来，您对此有何看法？会不会有安全风险？

【解决方案1】：

在 Hans Lub 的帮助下，解决问题的方法是使用 dyn.load() 函数并提供库的完整路径：

dyn.load('path_to_library')

然后，通过library 加载应该可以工作。

【讨论】：

是的，这是可行的，但是如果你想安装一个新的包，安装发生在一个全新的环境中，并且在安装尝试加载 DLL 之前没有机会使用 dyn.load()。
例如：如果我在 $HOME 下的某个地方安装了引用 libjvm.so 的 rJava（因为我没有 root 权限），那么我必须使用 dyn.load("/home/... ../libjvm.so") 在加载 rJava 之前。没问题。但是当我尝试安装 RJDBC 时，安装脚本会尝试加载 rJava 并落入堆中。
@MichaelHenry 在这种情况下，您可以使用withr::with_makevars，将-L/path/to/library 添加到PKG_LIBS 变量中。见stackoverflow.com/a/45178482/570918
如果您可以编辑$prefix/lib/R/etc/ldpaths - 例如当使用用户空间编译器从源代码构建 R 时，一切就绪。我认为从源代码构建的安装过程（R）有点损坏，因为它没有从构建环境更新加载路径引导程序。但是，幸运的是，编辑etc/ldpaths 内容以注入路径对我有用。有没有更优雅的方式？