从 Stata 调用 R

Question

由于某些非常烦人的原因，我将无法直接在数据中心调用我的 R 脚本。我只能调用stata，然后stata 将不得不调用我的 R 脚本。

目前，我正在尝试使用shell 命令：

capture cd C:\\Correct\Dir 
shell “C:\\Program Files\R-3.1.2\bin\Rscript.exe" "myFile.R"

路径是正确的，但我在 Stata 中运行它时只得到一个蓝屏，没有其他任何反应。蓝屏有一条消息，但它立即消失，所以我不知道它在说什么。

我该如何继续调试呢？有没有更好的方法来做到这一点？我不希望使用像rsource 这样的附加软件包，因为它们需要在安装到数据中心之前进行认证，这是一个漫长的过程。

Answer 1

我认为双反斜杠的存在导致了问题。以下对我有用：

状态

cd "path\of\choice"
shell "C:\Program Files\R\R-3.1.2\bin\Rscript.exe" "test.R"

test.r

setwd("path\\of\\choice")
data(mtcars)
mtcars
write.csv(mtcars, "cars.csv")

Answer 2

这是 Stata 调用 R 的一个示例（不可重现）。

*----- CALL R -----

// location of input/output files for R
local dirq "`pdir'/proc_data/q_irepriv.csv" // input 1 -> arg1
local dirh "`pdir'/proc_data/h_nophincome.csv" // input 2 -> arg2
local dirRdta "`pdir'/proc_data/`dofile'.Rdta" // output -> arg3
local dirout "`pdir'/" // project_dir -> arg4
local dirout "`dofile'/" // do_file_stub -> arg5

// call -rsource- passing the locations as arguments
rsource using "`pdir'/r_files/`dofile'.R", ///
    roptions(`" --vanilla --args "`dirq'" "`dirh'" "`dirRdta'" "`pdir'" "`dofile'" "')

*----- END OF R -----

我使用rsource，这是一个用户编写的命令，您可以使用ssc install rsource 下载它。

另一方面，Stata 倾向于在这些情况下使用正斜杠。请参阅 Nick Cox 的 Stata tip 65: Beware the backstabbing backslash。

编辑

您报告蓝屏消失，没有其他任何事情发生。这可能是 R 因 R 脚本中的某些错误而窒息的结果。举个例子：

.r 脚本包含：

# output OK
head(mtcars)

# provoke error
2+*2

并且您的 Stata do 文件包含：

shell "C:/Program Files/R/R-3.0.3/bin/x64/Rscript.exe" --no-save --no-restore --verbose "D:/Datos/rferrer/Desktop/rcars.r" 

以上内容转载了您的报告。

要进行调试，您可以使用 OS shell 命令重定向输出和错误消息。而不是后者，尝试：

shell "C:/Program Files/R/R-3.0.3/bin/x64/Rscript.exe" --no-save --no-restore --verbose "D:/Datos/rferrer/Desktop/rcars.r" > Routput.txt 2> Rerror.txt

这会产生两个文件：

Routput.txt 包含

                   mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
Mazda RX4         21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
Mazda RX4 Wag     21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
Datsun 710        22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
Hornet 4 Drive    21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
Hornet Sportabout 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2
Valiant           18.1   6  225 105 2.76 3.460 20.22  1  0    3    1

并且Rerror.txt包含

running
  'C:\Program Files\R\R-3.0.3\bin\x64\Rterm.exe --slave --no-restore --no-save --no-restore --file=D:/Datos/rferrer/Desktop/rcars.r'

Error: inesperado '*' in "2+*"
Ejecución interrumpida

（错误是西班牙语的，但那当然是无关紧要的。）

这是在 Windows 7 企业版上。