可以为 nlme 拟合绘制交互均值，但不适用于 lme4答案

【问题标题】：Can plot interaction means for nlme fit, but not for lme4可以为 nlme 拟合绘制交互均值，但不适用于 lme4
【发布时间】：2015-07-27 12:55:40
【问题描述】：

使用这个虚拟数据集：

dummy.data <- data.frame(vaccinated = factor(rep(c("yes", "no"), each = 64)),
  infected = factor(rep(c("yes", "no"), each = 32)),
  animal = factor(rep(1:16, each = 8)),
  tissue = factor(c("blood", "liver", "kidney", "brain")),
  value = runif(128)
  )

这行得通：

library("nlme")
nlme.model <- as.formula(value ~ vaccinated * infected * tissue)
nlme.fit <- lme(fixed = nlme.model, random = ~1|animal, data = dummy.data)
library("phia")
int.nlme <- interactionMeans(nlme.fit)
plot(int.nlme)

但这不是：

library("lme4")  
lmer.model <- as.formula(value ~ vaccinated * infected * tissue + (1 | animal))
lmer.fit <- lmer(formula = lmer.model, data = dummy.data)
library("phia")
int.lmer <- interactionMeans(lmer.fit)
plot(int.lmer)

用后者，我只得到

Error in t.default(M) : argument is not a matrix

来自plot 命令。

当我查看int.nlme 和int.lmer 和str 时，它们看起来确实不同，但我不知道问题出在哪里。非常感谢任何意见。

【问题讨论】：

标签： r interaction lmer nlme

【解决方案1】：

错误似乎是从phia:::poolse 生成的，因此可以复制：

> phia:::poolse(int.nlme, "adjusted mean","vaccinated")
vaccinated
        no        yes 
0.04483019 0.04483019 
> phia:::poolse(int.lmer, "adjusted mean","vaccinated")
Error in t.default(M) : argument is not a matrix

还在挖……

我认为这是phia 包中的一个错误，它忽略了这一点：

When writing an R package that uses the Matrix package, why do I have to specify Matrix::t() instead of just t()?

作为一种变通方法，为了增加令人敬畏，将 int.lmer 的“covmat”属性从 Matrix 类转换为标准 R matrix 类：

> int.lmer <- interactionMeans(lmer.fit)
> plot(int.lmer)
Error in t.default(M) : argument is not a matrix
> attr(int.lmer, "covmat") = lapply(attr(int.lmer,"covmat"),as.matrix)
> plot(int.lmer)

然后情节就开始了。

【讨论】：

感谢您的回复，@Spacedman。据我所知，lmer 拟合的模型属于merMod 类。
class(lmer.fit) 给了我"lmerMod"，而不是"merMod"，虽然inherits(lmer.fit,"merMod") 是TRUE，但我不明白，因为我希望类函数调用包含两者...嗯....
太棒了，@Spacedman，非常感谢！我会给包的维护者发电子邮件。
@Spacedman, "lmerMod" 是一个继承自 "merMod" 的 S4 类

【解决方案2】：

我确认这实际上是错误的原因：lmer 的协方差矩阵必须转换为“正常”矩阵才能使绘图起作用。修复这是我的待办事项列表中的优先事项，我想做一系列修复，包括今年夏天的修复。但是，如果有人想为加速更新做出贡献，您可以向 Github 中的存储库提出拉取请求：

https://github.com/heliosdrm/phia

【讨论】：