手指上的细菌。 MASS::glmmPQL 中具有随机斜率但没有截距的交叉随机效应的语法答案

【问题标题】：Bacteria on fingers. Syntax for crossed random effects with random slopes but not intercepts in MASS::glmmPQL手指上的细菌。 MASS::glmmPQL 中具有随机斜率但没有截距的交叉随机效应的语法
【发布时间】：2018-08-18 13:30:56
【问题描述】：

我有非正常数据（带和不带手套接触表面后手指上的细菌），因此使用 MASS 包中的 glmmPQL。我有一个分类预测变量（手套）、一个重复测量变量（NumberContacts），以及戴手套和不戴手套进行实验的参与者被交叉。我想使用 Participant 变量作为具有随机斜率的随机效应（但不是截距，因为它们开始时有 0 个细菌）。我无法弄清楚具有随机斜率但不是随机截距的随机效应的语法。你能告诉我怎么做吗？

到目前为止，我有：

require(MASS)
PQL <- glmmPQL(bacteria ~ Gloves+ NumberContacts, ~1|Participant,
               family =    gaussian(link = "log"),
               #weights = varIdent(form = ~1 | NumberContacts),
               #correlation = corAR1(NumberContacts),
               data = na.omit(Ksub), 
               verbose = F)

每次接触后手指上的细菌

每次接触后手指上的细菌密度图

【问题讨论】：

不属于Cross Validated吗？
我想过。我要的是 glmmPQL 中随机斜率的语法，而不是方法或理论。

标签： r glm lme4

【解决方案1】：

参见https://bbolker.github.io/mixedmodels-misc/glmmFAQ.html#model-specification，其中指出(0+x|group) 或(-1+x|group) 指定“组内x 的随机斜率：截距没有变化。”

下例中的型号规格是等价的：

library(MASS)
library(lme4)

fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (0 + Days | Subject), sleepstudy)
fm2 <- glmmPQL(Reaction ~ Days, random = ~ 0 + Days | Subject, 
  family = gaussian, data = sleepstudy)

【讨论】：

我已经浏览过了，也浏览过 (stats.stackexchange.com/questions/13166/rs-lmer-cheat-sheet)。但它们适用于 lme4，不适用于 MASS 的 glmmPQL。除非我在做一些愚蠢的事情。您能否在我的示例中明确显示它的外观？
在阅读了您的问题几次之后，我仍然无法完全弄清楚您心中的模型是什么。但是，如果您可以使用 lme4 规范写出您的模型，那么将其转换为 nlme 形式应该不会太难。
非常感谢您。您能否澄清以下内容：那么我是否读到这意味着所有科目都在所有日子里都经过测试（即交叉）？如果你写（~1 | Subjects），那是什么意思？最后，1 旁边的波浪号 (~) 是什么意思？
cmets 部分不是为扩展讨论而设计的。我建议查看nlme 包中lme 函数的帮助文档，以了解有关模型规范语法的详细信息。查看random 参数的描述。如果您有后续问题，我建议您提出一个新问题。
天数的斜率（即天数和因变量之间的关系）因主题而异，但截距不一样。