在升级到 R-2.14 之前，我想借此机会理顺已安装软件包的文件夹结构。
目前我使用 R 默认值，即所有新安装的包都转到 R_LIBS_USER。但是，我确实区分了两类包：
plyr、data.table等由于install.packages 提供了一个选项来指定lib 参数，这显然是可能的。
是否有一种简单的方法来管理包裹位置，例如通过在.RProfile 或RProfile.Site 中创建一些合理的设置/包装函数？
【问题讨论】：
标签： r installation package
要回答，我必须提供一些背景信息。
出于可重现性的目的，我尝试编写脚本，包括我的整个 R 设置。我有一个脚本“initializeR.r”，除其他外，它安装包，并且我已经将包安排在包中，例如与缓存相关的包，与可视化、采样、空间统计等相关的包 - 我自己的小任务视图，如果你愿意的话。
例如，这里是一个 sn-p：
# Profiling & testing
Packages$CodingTools = c("codetools","debug", "profr","proftools","RUnit")
我将一些捆绑包合并到“主要”包（或主要）列表中，而其他捆绑包则进入“次要”列表。我肯定会在主要列表中安装所有东西——这些都是需要有一个合理的 R 环境，使用我自己的脚本、函数和包等。（顺便说一句，一些包被分配给多个包，但只有少数；我在处理聚合列表之前进行了重复数据删除。）
然后我指定一个特定于平台的默认库，并安装到那里。但是，此功能是可扩展的，并且此想法可以扩展为包括每个包包（或包）的可选位置：只需从包名称映射，例如“CodingTools”到一个唯一的目录（库路径），比如“D:/R/Library/CodingTools”。这可以在初始化脚本中使用匹配列表和默认选项来完成，或者可以将位置存储在其他位置，例如哈希表、JSON 或数据库。
正如其他人所说，需要将默认库路径传达给 R。这可以在 .RProfile.site 中完成。就我而言，我有另一个脚本用于根据需要初始化 R 实例。我尽量避免使用 R 读取的外部参数文件（例如 .Rprofile），而是通过我自己的包中的函数调用进行所有初始化（尽管参数仍然是外部的）。这往往使我更容易调试和重现我的工作。因此，我的库路径可以包含在指定我的数据文件位置的同一种 JSON 中。
就我个人而言，我不想在脚本中定义捆绑包，而是使用 JSON，因为我可以更轻松地为不同的设置配置创建不同的 JSON 文件。我已经为大多数其他可重复工作的目的这样做了。
【讨论】：
Hadley 的优秀包devtools 提供了一个函数dev_mode。
http://www.inside-r.org/packages/cran/devtools/docs/dev_mode
您可以在这里找到一个示例用法：https://gist.github.com/1150934
基本上，
dev_mode(TRUE, path = "anywhere-you-want-to-install")
install.packages("anything-that-you-want-to-install")
是一种强大的方法。
【讨论】：
有很多选择。我做的第一件事是调整我的 Rprofile.site 以包含以下行，使我的默认库路径成为我的 R 安装中不包含的目录。
.libPaths(c("D:/R/Library",.libPaths()))
这使D:/R/Library 成为我的默认路径，而不会丢失其他路径。您可以向其中添加两条路径，例如 D:/R/Library/Work 和 D:/R/Library/Test。如果您没有在 install.packages() 中指定 lib，则放在第一个位置的那个是默认使用的。
然后您可以在 .Rprofile.site 中分配两个变量。这些是在基本命名空间中分配的，因此始终可以访问，并且不会被 ls() 删除。类似的东西
.libwork <- 'D:/R/Library/Work'
.libtest <- 'D:/R/Library/Test'
允许您安装以下软件包：
install.packages('aPackage',lib=.libwork)
我猜还有其他选择，但我会这样滚动。
【讨论】：
R CMD check ... 检查/构建/安装软件包时会导致复杂化。原因是R CMD check 和R CMD build 不读取.Rprofile (cran.r-project.org/doc/manuals/…)。
您应该能够通过环境变量 R_LIBS 中的冒号分隔的路径列表指定多个库路径/树。我无法让它在 R 2.13.1-patched 上可靠地工作——它只需要第一个条目。我让 R_LIBS 和 R_LIBS_USER 在我的系统上可靠地工作 - 我通常只设置前者。
.libPaths() 可以添加新路径到搜索的库树集。我只需在.Rprofile 中添加对.libPaths(new) 的适当调用，即可为每个会话添加相关树。然后你可以在安装时选择安装包的位置——即使用哪棵树。
【讨论】：