【问题标题】：frequency count across multiple columns using r使用 r 跨多列的频率计数
【发布时间】：2018-07-23 17:14:48
【问题描述】：

我有一个格式如下的数据框：

x <-
Chrom    sample1    sample2    sample3  ...
Contig12    0/0     0/0     0/1
Contig12    ./.     ./.     0/0
Contig28    0/0     0/0     0/0
Contig28    1/1     1/1     1/1
Contig55    0/0     0/0     0/1
Contig55    0/1     0/1     0/1
Contig61    ./.     0/1     1/1
.
.
.

有 ~20000 行和 ~100 个唯一列，我试图计算每个唯一状态在每列（样本）中出现的次数，以便我得到：

         sample1    sample2     sample3     ...
./.      2          1           0
0/0      3          3           2
0/1      1          2           3
1/1      1          1           2

关于如何做到这一点的任何建议？我曾尝试使用 plyr 包中的 count() ，但我无法弄清楚如何在每一列中使用它。

非常感谢任何帮助！

【问题讨论】：

标签： r count

【解决方案1】：

library(dplyr)
df %>% gather(key, value, -Chrom) %>% # gather turn dataset from wide to long format by collapse (collect) values in all columns 
                                      #except Chrom into two columns key and value. See ?gather for more info
       dplyr::select(-Chrom) %>%      #select all columns except Chrom i.e. key and value 
       table()                        # count the number of each unique pear

         value
 key       ./. 0/0 0/1 1/1
  sample1   2   3   1   1
  sample2   1   3   2   1
  sample3   0   2   3   2

数据

df <- read.table(text="
      Chrom    sample1    sample2    sample3
             Contig12    0/0     0/0     0/1
             Contig12    ./.     ./.     0/0
             Contig28    0/0     0/0     0/0
             Contig28    1/1     1/1     1/1
             Contig55    0/0     0/0     0/1
             Contig55    0/1     0/1     0/1
             Contig61    ./.     0/1     1/1
              ",header=T, stringsAsFactors = F)

【讨论】：

@RavinderSingh13 感谢您的好话。请检查我的更新。