从 Python 中的 rtree 中删除 2D 点

Question

我正在尝试将 2D 点存储在 rtree（版本 0.8.2）中，然后使用 Python 删除它们。我知道 rtree 适用于矩形（或 3D 框），但我猜点是矩形的子集。

从 rtree 中删除项目时出现奇怪的行为。下面的脚本显示了这种行为：

from rtree import index as rtindex

def pt2rect(pt):
    return pt[0], pt[1], pt[0], pt[1]

pts = [(0.0, 0.0), (1.0, 1.0), (0.0, 1.0)]
rt = rtindex.Index()

# Add the points
[rt.add(0, pt2rect(pt)) for pt in pts]
print [r.bbox for r in list(rt.nearest((0, 0), 10, True))]

# Remove the same points
for pt in pts:
    rt.delete(0, pt2rect(pt))
    print pt2rect(pt), [r.bbox for r in list(rt.nearest((0, 0), 10, True))]

输出是：

True
[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 1.0, 0.0, 1.0], [1.0, 1.0, 1.0, 1.0]]  # Whole index
(0.0, 0.0, 0.0, 0.0) [[0.0, 1.0, 0.0, 1.0], [1.0, 1.0, 1.0, 1.0]]  # <-- Ok
(1.0, 1.0, 1.0, 1.0) [[1.0, 1.0, 1.0, 1.0]]  # <-- Wrong point deleted!
(0.0, 1.0, 0.0, 1.0) [[1.0, 1.0, 1.0, 1.0]]  # <-- Ok, as it's not found.

来自文档 (http://toblerity.org/rtree/class.html)：

delete(id, coordinates) 从给定的索引中删除项目 'id' 在指定坐标内。

参数：

id – 长整数 一个长整数，它是该索引的标识符 入口。插入索引的 ID 不必是唯一的，它是 如果这是要求，则由用户确保它们是唯一的。

坐标 – 序列或数组 Dimension * 2 个坐标对， 表示项目每个维度的最小和最大坐标 从索引中删除。他们的顺序将取决于 索引的交错数据成员。这些不是坐标 包含项目的空间，但项目本身的空间。和...一起 id 参数，它们确定将删除哪个项目。这可能 是满足numpy数组协议的对象。

但是可以看出，在输出的第 4 行中删除了具有给定 id 但不在给定坐标内的点。

文档还明确指出ids 在插入或删除中不需要是唯一的。 （示例中重复的0 == id 是故意的，因为我的应用程序需要重复的ids。同一“事物”的多个点。）

还确认可以使用xmin == xmax 和ymin == ymax 对点进行索引。

是我使用了错误的库，还是 libspatialindex（Python rtree 背后的二进制库）的行为与 rtree 文档状态不同？

Answer 1

不要将重复的id 分配给不同的对象。

它正在删除它在叶子中找到的与id 匹配的第一个对象（如果您不信任我，请查看 libspatialindex 源代码，Leaf::deleteData）。 坐标仅用于查找要删除的正确叶。你所有的ids 都是0，所以它总是从叶子中删除第一个元素。后面的删除失败，因为你的树的边界框现在是[0.0,1.0,1.0,1.0]，y=0.0 的点不能在这个叶子中。

试试

[rt.add(id, [x[0], x[1], x[0], x[1]]) for id, x in enumerate(pts)]

和

for id, x in enumerate(pts):
    rt.delete(id, [x[0], x[1], x[0], x[1]])
    print [x.bbox for x in list(rt.nearest([0, 0], 10, True))]

请注意，rtree 模块的文档具有误导性。

从索引中删除指定坐标内具有给定 'id' 的项目。

参数：

• id – 长整数 一个长整数，它是该索引条目的标识符。 ID 不必是唯一的插入到索引中，如果需要，用户可以确保它们是唯一的。
• coordinates – 序列或数组 Dimension * 2 坐标对，表示要从索引中删除的项目的每个维度中的最小和最大坐标。它们的顺序将取决于索引的交错数据成员。这些不是包含项目的空间的坐标，而是项目本身的坐标。它们与 id 参数一起确定将删除哪个项目。这可能是一个满足 numpy 数组协议的对象。

（已添加重点。）

这不是说id对于删除不需要是唯一的。它说您可以插入多个具有相同id 的条目，但它并没有说删除是可以预测的。 ;-) “确定”也是模糊的。坐标用于找到正确的叶子，然后删除该叶子中第一个匹配的id。 （从 libspatialindex 的源代码来看）因此，id 必须是唯一的，删除才能可靠地工作。