在需要列规范的函数上使用 purrr::map

Question

我想使用 purrr::map() 来运行一个预打包的函数 fishmethods::deplet

数据集有多年（见下面的示例），我需要为每一年分别拟合模型。

b <- structure(list(Year = c(2012, 2012, 2012, 2012, 2015, 2015, 2015, 
2015), BF_AYAs_count = c(37, 12, 7, 8, 13, 4, 3, 6), BF_noT_effort = c(0.445138888899237, 
0.343750000007276, 0.51597222223063, 0.444444444437977, 0.613194444456894, 
0.437499999992724, 0.374999999992724, 0.607638888897782)), row.names = c(NA, 
-8L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

deplet 需要以下输入 (catch=NULL,effort=NULL, method = "l") 并输出一个列表 X.out，其中 X == method。出于我的目的，我想按年份获取结果（例如，l.out$results）并将它们放入数据框中。这是我尝试过的代码，它返回 Error in deplet(catch = BF_AYAs_count, effort = BF_noT_effort, method = "l") : object 'BF_AYAs_count' not found 我认为这是由 deplet() 函数期望数据输入的方式引起的问题，因为如果我替换为 map(data, ~lm(BF_AYAs_count~BF_noT_effort, data=.)，则此代码可以正常工作。

library(tidyverse)
library(fishmethods)

bf_AYA_popest <- b %>% 
  nest(-Year) %>% 
  mutate(fit=map(data, deplet(catch=BF_AYAs_count,effort=BF_noT_effort, method="l")),
         results = l.out$results) %>% 
  unnest()

Answer 1

更新 为了解决 deplet() 无法将 deplet 的结果分配给对象的问题，我们可以将 deplet 包装在我们自己的函数中，该函数实际上将它总是创建的 l.out 对象返回给我们创建的对象。然后我们可以按照您最初想要的方式变异和映射我们的新耗尽：

deplet2 <- function(...){
  deplet(...)
  return(l.out)
}

bf_AYA_popest <- b %>% 
  nest(data = c(BF_AYAs_count, BF_noT_effort)) %>% 
  mutate(fit = map(data, ~deplet2(catch = .$BF_AYAs_count,
                                 effort = .$BF_noT_effort,
                                 method ="l")),
         results = map(fit, "results"))

旧 我会先说我从未使用过 fishmethods 包或 deplet() 函数。我认为问题在于我无法将 deplet() 的结果分配给一个对象（即 x

如果您对此持开放态度，也许另一种建议是仅使用 for 循环并分别构建结果列表，然后将整个列表变异到嵌套数据框：

#nest the count and effort data
bf_AYA_popest <- b %>% 
  nest(data = c(BF_AYAs_count, BF_noT_effort))

#create an empty list to store results
results_list <- vector("list")
#loop through rows of nested dataframes giving the data to deplete
for(i in 1:nrow(bf_AYA_popest)){

  deplet(catch = bf_AYA_popest$data[[i]]$BF_AYAs_count, 
         effort = bf_AYA_popest$data[[i]]$BF_noT_effort,
         method ="l")
  #each time deplet runs it makes an l.out
  results_list[[i]] <- l.out$results  #catch the ouput and store in list
  #the next run through l.out is overwrritten 
}

#add the list as a  column to the original nested df
bf_AYA_popest <- bf_AYA_popest %>% 
  mutate(fit = results_list)

这是我在 mutate 调用中进行这项工作的尝试：

bf_AYA_popest <- b %>% 
  nest(data = c(BF_AYAs_count, BF_noT_effort)) %>% 
  mutate(fit = map(data, ~deplet(catch = .$BF_AYAs_count,
                                 effort = .$BF_noT_effort,
                                 method ="l")))

没有抛出错误，但结果为 NULL 列：

# A tibble: 2 x 3
   Year data             fit   
  <dbl> <list>           <list>
1  2012 <tibble [4 × 2]> <NULL>
2  2015 <tibble [4 × 2]> <NULL>

我会在我的全局环境中填充一个“l.out”对象。