在 R 中读取 .mdb 文件时出现问题

Question

我正在尝试在 R 中读取一系列 microsoft access 数据库。我从使用 mdb- 的 Hmisc 包中找到了 mdb.get 函数工具。

这是我针对一个特定 .mdb 文件的工作流程

system("wget http://www.dgis.salud.gob.mx/descargas/zip/BDSS_2004.zip")
unzip("BDSS_2004.zip")
mdb.get("SECTORIAL2004.mdb")
   Can't alloc filename
   Couldn't open database.
   named list()
   Warning message:
   running command 'mdb-tables -1 SECTORIAL2004.mdb' had status 1 

我尝试使用 System() 直接传递突击队以提供 mdb-tables 命令，但得到的结果非常相似。

system("mdb-tables SECTORIAL2004.mdb")   
   Can't alloc filename
   Couldn't open database.

主要问题是，当我直接在终端中执行此操作时，它对于相同的文件效果很好。我想我可以使用 shell 脚本来完成，但我更愿意在 R 中完成。任何帮助将不胜感激。

编辑

我忘了说我在 RStudio 中运行此代码，我尝试单独在 R 终端中运行它并且它可以工作，这让我认为它与 的文件路径有关mdb-tools 或类似的东西。话虽如此，我仍然希望能够在 RStudio 中做到这一点。谢谢！

Answer 1

...我试图重现您的错误，但对我来说一切正常。

从错误消息（“无法分配文件名”）和您所说的（“Microsoft Access 数据库的系列”）来看，我敢打赌，您正在达到内存限制R 可以处理的内容。

以下是一些可以帮助您的建议：

1. 您可以使用rm 释放一些无用的东西。运行gc() 以在加载文件之前触发垃圾收集器，这样您就可以确保所有可用内存都可用。这可能足以解决您的问题。

2. 如果这还不够：按顺序导入 mdb 文件，一次一个，将每个文件以另一种格式保存在硬盘驱动器中（如默认的.RData）和彻底清除您的工作区。当您稍后打开它们时，您可能仍然需要担心空间，对它们进行分析，但至少您不必通过 mdb -> R em> 转换步骤。

3. 最后，您真的需要 R 来读取该数据库吗？如果没有，您只需使用其他技术（python？）来读取您的数据库就可以省去很多麻烦。

最后，处理大量数据的一个通用建议：你应该真正考虑学习如何使用data.tables，以防你还不知道它。