如何用扫帚在 R 中整理多个pairwise.t.tests答案

【问题标题】：How to tidy multiple pairwise.t.tests in R with broom如何用扫帚在 R 中整理多个pairwise.t.tests
【发布时间】：2017-03-24 12:46:34
【问题描述】：

我想知道如何整理以下内容：

首先，我将选择的列收集到一个包含三列的小标题中：应变（=分组因子）、参数（参数名称）和值（实际值）

sel <- t_tcellact %>% select(strain, contains("nbr_")) %>% gather(params, values, nbr_DP:nbr_CD3p)

然后我执行多个pairwise.t.test()：

 test2 <- sel %>% bind_rows(sel) %>% split(.$params) %>% map(~ pairwise.t.test(x=.$values, g=.$strain, p.adj = "none"))

结果是pairwise.t.tests的结果列表，我可以开始清理：

test3 <- lapply(test2, tidy)

列表现在看起来像这样：

$nbr_CD3p   

group1 group2        p.value

1    SKG Balb/c 0.000001849548

$nbr_DN_CD69nCD25n  

group1 group2   p.value 

1    SKG Balb/c 0.6295371

等等……

由此我需要一个包含以下列的小标题：参数（例如 nbr_CD3p）、group1、group2、p.value。

在此示例中，我只有两个组，但我想以一种通用方式进行，当我有多个组时也适用。

有没有人知道如何以一种优雅的方式（没有循环）达到这一点？

【问题讨论】：

标签： r tidyverse broom

【解决方案1】：

我找到了一种方法：

test2 <- sel %>% bind_rows(sel) %>% split(.$params) %>% map(~ pairwise.t.test(x=.$values, g=.$strain, p.adj = "none")) %>% lapply(tidy) %>% do.call("rbind", .) %>% mutate(params = rownames(.)) %>% as_tibble()

【讨论】：

你试过用map_df 代替tidy 代替lapply 吗？如果您使用 .id 参数，这可能会让您一步到位。

【解决方案2】：

您应该可以使用bind_rows()，利用 .id 参数：

test3 <- lapply(test2, tidy) %>%
     bind_rows(.id = 'parameter')

这将使用 test2 的名称作为数据框中名为参数的新列。综上所述，按照上面评论中的 aosmith 建议，将 lapply 替换为 map_df() 也应该有效。

【讨论】：