这个错误代码在 RStudio 中是什么意思答案

【问题标题】：what does this error code mean in RStudio这个错误代码在 RStudio 中是什么意思
【发布时间】：2021-02-19 14:25:12
【问题描述】：

我正在尝试在 RStudio 中运行 dada2。通常我会在 Windows 中运行它。但是，因为我也想运行 cutadapt，所以我不得不创建一个 Linux VM。在一些帮助下，我现在在我的 VM 上安装了 dada2 和 cutadapt。我已经复制了在 Windows 的 RStudio 中工作的 R 代码。我已经在我的虚拟机上编辑了代码，使其指向正确的目录，例如将“c:\Rtemp”替换为“~/Rtemp”。我相信我已经正确地做到了这一点，因为 RStudio 读取了dada2，然后我的文件就像我在 Windows 中的 RStudio 中启动脚本一样。但是，当我在 Windows 中的 RStudio 中运行脚本时，我会收到错误消息。

fnFs <- sort(list.files(path, pattern="_R1_001.fastq", full.names = TRUE))
fnRs <- sort(list.files(path, pattern="_R2_001.fastq", full.names = TRUE))

sample.names <- sapply(strsplit(basename(fnFs), "_"), `[`, 1)
plotQualityProfile(fnFs[1:2])
Error in (function (cond)  : 
  error in evaluating the argument 'dirPath' in selecting a method for function 'qa': IncompatibleTypes
  message: error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'which': error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'alphabetFrequency': invalid class “BStringSet” object: undefined class for slot "elementMetadata" ("DataTable_OR_NULL")

没有“安装”错误，所以我认为问题不在于缺少安装。此错误消息是否表明我的 VM 上的内存量存在问题？

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

我最近在学习dada2教程时遇到了这个问题。

我通过在加载dada2之前加载库（Biostrings）来修复它。我的印象是dada2会自动加载Biostrings，但这就是修复。希望它对你有用。

【讨论】：