函数中使用的 R phyloseq tax_glom 给出错误答案

【问题标题】：R phyloseq tax_glom used in a function give a error函数中使用的 R phyloseq tax_glom 给出错误
【发布时间】：2019-11-02 14:02:05
【问题描述】：

我正在尝试创建一个函数，以使用 PHYLOSEQ 获取相对丰富的任何给定分类等级的表格，例如：

Relative_Table <- function (PhyloObj, TRank) {
    GROUP <- tax_glom(PhyloObj, taxrank="TRank")
    Percent <- transform_sample_counts(GROUP, function(x)100* x / sum(x))
    OTUglom <- otu_table(Percent)
    TAXglom <- tax_table(Percent)[,"TRank"]
    GroupTable <- merge(TAXglom, OTUglom, by=0, all=TRUE)
    GroupTable$Row.names = NULL
    return(GroupTable)
}

所以当我像这样使用它时：表

tax_glom(PhyloObj, taxrank = "TaxonRank") 中的错误：糟糕的taxrank参数。必须在 rank_names(physeq) 的值之间

不过，当我在函数内部使用 taxrank 时，它运行良好：

Relative_Table <- function (PhyloObj) {
    GROUP <- tax_glom(PhyloObj, taxrank="Phylum")
    Percent <- transform_sample_counts(GROUP, function(x)100* x / sum(x))
    OTUglom <- otu_table(Percent)
    TAXglom <- tax_table(Percent)[,"Phylum"]
    GroupTable <- merge(TAXglom, OTUglom, by=0, all=TRUE)
    GroupTable$Row.names = NULL
    return(GroupTable)
}

第一个选项有什么问题??，我只想在函数中使用任何给定的taxrank（Phylum，Class....... Genus）并生成一个表！！！！

谢谢

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics phyloseq

【解决方案1】：

很难说没有可重复的示例，但我强烈怀疑问题在于您将TRank 视为字符串而不是符号名称。换句话说，尝试在这两行中去掉"TRank" 周围的引号：

GROUP <- tax_glom(PhyloObj, taxrank=TRank)

和

TAXglom <- tax_table(Percent)[,TRank]

您引用的错误听起来像是您在实际函数中使用TaxonRank 作为参数名称，而您向我们展示的错误使用TRank（这可能无关紧要，但这有点令人困惑读者）

【讨论】：