R barplot 按列显示颜色，同时保持数据框顺序

Question

我正在尝试在 R 中创建一个条形图，以保持数据的顺序，并用不同的颜色为数据着色。 我的数据是这样的：

row.name  BMP2      type
qaz        4         gf
zaq        3         gf
xsw        5         ds

数据按“类型”列排序。

下面是我得到的情节。我已经指出了我想着色的部分：

我的代码：

 barplot(height = h$BMP2,
          las=3,                                  
          space=1,                                
          main = chosen_gene                         
  )

*使用 ggplot2 的解决方案将不胜感激

Answer 1

问题好像是数量多吧。使用基础 R barplot，条形的边框是黑色的，并且使颜色不可见。使用ggplot2 也会发生类似的效果。

所以我会先创建一个更大的数据集。

h <- read.table(text = "
row.name  BMP2    type
qaz        4         gf
zaq        3         gf
xsw        5         ds                  
", header = TRUE)

h <- do.call(rbind, lapply(1:(700/3), function(i) h[sample(nrow(h)), ]))
h <- h[order(h$type), ]
h$row.name <- paste0(h$row.name, seq_along(h$row.name))
h$BMP2 <- sample(20, nrow(h), TRUE)

dim(h)
#[1] 699   3

现在是情节。

根据type 组的长度定义一个颜色向量。然后使用该向量为条形分配颜色。

l <- lengths(split(h$type, h$type))
col <- rep(seq_along(l), l)

barplot(height = h$BMP2,
        las = 3,                                  
        space = 1,                                
        main = "chosen_gene",
        col = col,
        border = NA
)

对于ggplot 图表，首先对"factor" 类的type 列重新排序，以便按组绘制条形图。

library(ggplot2)

h$row.name <- factor(as.character(h$row.name), levels = h$row.name, labels = h$row.name)

ggplot(h, aes(x = row.name, y = BMP2, fill = type)) +
  geom_bar(stat = "identity", position = "dodge")

Answer 2

您可以定义一个矢量mycols，让您可以根据需要选择每种条形颜色。根据您的示例数据，如果您希望前 2 个条为蓝色，最后一个为红色：

myids <- 1:nrow(h)
mycols <- ifelse(myids<=2, "blue", "red")
barplot(height = h$GLIPR1,
        las=3,                                  
        space=1,                                
        main = chosen_gene,
        col=mycols, 
        border = NA  # remove the black hairline around each box
)

这里的颜色取决于myid，也就是h的行号，但你可以随意定义其他条件。