【问题标题】:Max Column for each Row每行的最大列数
【发布时间】:2017-11-17 05:37:15
【问题描述】:

我是 R 新手,因此无法为您制作示例数据框,对此我深表歉意。但是,我正在进行细菌群落分析,并且我有一个表格,其中每一列都有物种,每一行都有每个样本。每列是每个物种的标识符。数据框中是每个样本的物种丰度。我的目标是为每个样本(行)确定最丰富的物种(列)。我认为制作具有最丰富物种列标识符的样本(行)的数据框将是最有用的! 我尝试过的迭代(使用 phyloseq 包,但可以在没有这个包的情况下使用)。

beagle <- names(sort(taxa_sums(top.pdy.phyl),T, function(x) which(max==x)))
beagle2 <- names(taxa_sums(top.pdy.phyl),T, function(x) colnames(which.max(top.pdy.phyl))))

任何帮助将不胜感激!谢谢!

【问题讨论】:

  • 试试do.call(pmax, top.pdy.ph1)

标签: r dataframe phyloseq


【解决方案1】:

怎么样:

names(top.pdy.phyl)[ apply(top.pdy.phyl, 1, which.max) ]

apply(top.pdy.phyl, 1 , max)

【讨论】:

  • 这并不是我所希望的,但能够添加更多命令并使用它来获得我需要的东西。这完全有帮助!谢谢!
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