16s rRNA分析有标准流程吗？答案

【问题标题】：Is there any standard process for 16s rRNA analysis?16s rRNA分析有标准流程吗？
【发布时间】：2020-07-14 23:01:25
【问题描述】：

我正在尝试重现 this paper 的树状图结果，涉及特定的 16s rRNA 分析。

但我不知道是否有数据管理或数据分析的标准方法。所以，我一直在自己尝试。下面是一个总结。

在方法部分中说：“生成的 FASTQ 文件存放在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA386442。MiSeq 双端原始序列正向和反向读取随后使用 ea-utils v1.1.2 与标准设置合并，然后是拆分库从 QIIME v1.9.1 开始，删除序列读取少于 200 个核苷酸、包含不明确碱基的读取或平均质量得分低于 30 的读取。"

所以，我使用 SRATOOLKIT 下载了 sra 文件并在终端使用了这段代码：

for n in {141..188}; do prefetch "SRR5577$n"; done

后来，我使用以下方法转换为 fastq 文件：

for n in {141..188}; do fastq-dump "SRR5577$n"; done

但是，对于合并步骤，我不能使用 fastq-join 函数或 github 上 ea-utils 包中的任何其他函数。数据似乎没有正确的格式。

我做得好吗？在哪里可以了解有关此类分析的更多信息？

【问题讨论】：

标签： bioinformatics biopython qiime

【解决方案1】：

我建议在 fastq-dump 中使用 --split-files，例如：

for n in {141..188}; do fastq-dump --split-files "SRR5577$n"; done

看起来数据是双端的。否则你不需要合并它们。它会给你单独的正向和反向读取文件，大概你输入到 ea-utils。

【讨论】：