我正在尝试在QIIME2 virtual machine 中运行以下命令，安装在 macbook 上但代码不起作用
validate_mapping_file.py -m Fasting_Map.txt -o mapping_output
这里是链接：http://qiime.org/tutorials/tutorial.html
我收到以下消息
bash: validate_mapping_file.py: 找不到命令
我是unix/linux 和qiime 的新手。非常感谢您的帮助...
【问题讨论】：
chmod +x validate_mapping_file.py plus 请显示此 Python 文件的第一行 - 是否有 shabang 行？
./validate_mapping_file.py 或<absolute_path> to validate_mapping_file.py
要以这种方式执行 Python 脚本，您需要三件事：
该文件需要为您设置可执行位。为此，请尝试使用：chmod u+x validate_mapping_file.py
文件需要以shebang开头，例如#!/usr/bin/env python3，它将告诉系统根据您的环境使用python3可执行文件运行脚本
该文件需要位于您的 PATH 环境变量中的目录之一中。您可以使用 export PATH=$PWD:$PATH 添加当前目录或使用 ./validate_mapping_file.py 而不是 validate_mapping_file.py（感谢 @Grisha）
之后，您应该能够按照您之前尝试的方式执行脚本。
【讨论】：
PATH 目录之一中
$(pwd):$PATH 或其基于反引号的等效项与$PWD/$PATH 相比效率极低；像任何其他命令替换一样，它分叉了一个子shell。
pwd 执行的速度快。尽管如此，它还是达到了相同的效果并且效率更高，因此我编辑了答案。