如何在 capscale 函数中仅将环境变量作为一个因子（而不是连续变量）输入？

Question

我正在对物种丰度表执行 CAP 分析（素食主义者，R），其中包含 2 个解释因素（Location 和 Complexity_Watson）和一个解释连续变量（Depth..m.）。 下面你会发现我的一些代码：

species.cap=capscale(Species.MVA.DOV ~ Location + Depth..m. + 
   Complexity_Watson, data=Habitat.MVA.DOV, distance="bray", na.action=na.omit)

但是，summary(species.cap) 将位置和复杂性作为约束（连续）变量和约束因素。

我怎样才能确保它只将它们作为因素输入？ （我尝试添加factor()，但结果相同）。

当我想绘制环境变量时，它会为位置和复杂性创建箭头和质心，而我只想要质心（以及深度的箭头）。

有人可以帮我吗？

Answer 1

使用as.factor将变量更改为数据框中的因子Habitat.MVA.DOV

Habitat.MVA.DOV$Location <- as.factor(Habitat.MVA.DOV$Location)
Habitat.MVA.DOV$Complexity_Watson <- as.factor(Habitat.MVA.DOV$Complexity_Watson)

对于绘图问题，您必须意识到plot 正在调用plot.cca。使用plot.cca 中的帮助部分来确定您的问题的解决方案。

我想你想要的是：

plot(species.cap, display = "cn") #cn stands for centroid, see help for other options
?plot.cca # gets you to the documentation/help on plot.cca

此外，vegan tutorial 是一个很好的参考，其中包含有用的示例。