将距离矩阵应用于多个数据帧答案

【问题标题】：Applying a distance matrix to multiple data frames将距离矩阵应用于多个数据帧
【发布时间】：2020-06-16 22:59:46
【问题描述】：

我有 20 个不同长度的数据框，但列数都相同。我想对这些数据帧中的每一个进行一些分析，在这种情况下是使用纯素的距离矩阵。我四处搜寻，只是发现我在某处遗漏了一步。

虚拟数据使用 5 df，我一直在尝试使用 lapply。

df1<- matrix(data = c(1:100), nrow = 10, ncol = 10)
df2<- matrix(data = c(1:150), nrow = 15, ncol = 10)
df3<- matrix(data = c(1:50), nrow = 5, ncol = 10)
df4<- matrix(data = c(1:200), nrow = 20, ncol = 10)
df5<- matrix(data = c(1:100), nrow = 10, ncol = 10)
Y<- list(df1, df2, df3, df4, df5)

Y.dc <- lapply(Y, dist.ldc(Y, "chord"))

我也尝试过直接在列表上运行它，但我也不断收到错误。

Y.dc<- dist.ldc(Y, "chord")

理想情况下，我不想为每帧运行 20 行/块代码。最终，我还希望能够生成 nMDS 图，并同时在每个数据帧上运行 PERMANOVA。我需要编写/运行一个函数来完成它吗？

【问题讨论】：

您的根本问题是lapply 中有dist.ldc(Y, "chord") 而不是dist.ldc。 lapply 的第二个参数应该是一个函数，而 dist.ldc(Y, "chord") 不是一个函数，它是一个函数调用。 lapply 通常与匿名函数一起使用，例如：lapply(Y, function(df) dist.ldc(df, "chord"))
谢谢！我很感激，我已经意识到语法错误。

标签： r loops lapply vegan

【解决方案1】：

一个有效的语法：

Y.dc <- lapply(Y, dist.ldc, method = "chord")

（我假设函数 dist.lc 来自包 adespatial，我不知道）

【讨论】：