如何将 CI 晶须添加到稀疏曲线答案

【问题标题】：How to add CI whiskers to a rarefaction curve如何将 CI 晶须添加到稀疏曲线
【发布时间】：2017-07-28 16:54:30
【问题描述】：

我需要制作一些稀疏曲线，我希望它们在置信区间条的边缘显示胡须，而默认设置是简单地显示没有胡须的条：

library(vegan) 
data("dune")
result <- specaccum(dune)
plot(result, lwd=2)

默认稀疏曲线

我尝试使用arrows 函数添加一些晶须，但specaccum 函数的结果仅包含标准偏差。所以我完成了一半的工作：

samples <- result$sites
error <- result$sd
richness <- result$richness
arrows(samples, richness-error, samples, richness+error, angle=90, code=3, length=0.05)

带有 sd 晶须的稀疏曲线

根据我的搜索，最常见的方法是将置信区间转换为阴影区域（通过使用参数ci.type="polygon"），然后将boxplot 添加到绘制的曲线中。但是，这会导致我宁愿避免的非常繁忙的图像。

有人有更优雅的解决方案吗？

【问题讨论】：

标签： r plot vegan

【解决方案1】：

你可以尝试添加一个 plotCI-plot：

library(vegan) 
library(plotrix) 
data("dune")
result <- specaccum(dune)

plot(result)
plotCI(result$sites,result$richness,result$sd*2,err="y", lwd=2,add=TRUE, pch=NA)

我承认这也不是最优雅的选择，但它确实有效。

【讨论】：

【解决方案2】：

您忘记了乘数（参见?plot.specaccum 中的参数ci）。你画的是一个~68%的置信区间。乘以 2 (ci = 2) 得到大约 95% 的置信区间，这是 plot.specaccum 默认绘制的。

在您使用的代码的修改中包含（默认）乘数

plot(result)
with(result, arrows(sites, richness - (2 * sd), sites, richness + (2 * sd),
                    angle = 90, code = 3, length = 0.05))

我们得到：

您可以忽略警告；最后绘制的数据点的标准误差为零

> result$sd
 [1] 2.3510636 1.8763851 1.5722711 1.4469584 1.3901594 1.3530349 1.3164796
 [8] 1.2749034 1.2282010 1.1763410 1.1193437 1.0564537 0.9874094 0.9115998
[15] 0.8286890 0.7380921 0.6333903 0.5139710 0.3570714 0.0000000

而arrow() 只是警告您它不会绘制长度为 0 的箭头。

【讨论】：

很高兴看到我即将找到解决方案。干杯！
目前我们使用segments 来绘制误差线。我们可以切换到arrows(..., code = 3, angle = 90)，但这需要添加参数ci.len 来设置垂直端条的长度（默认为ci.len = 0）。这会是可取的吗？

【解决方案3】：

github 中的 vegan 存储库现在可以使用参数 ci.length 将这些短水平条绘制到误差条上。默认为零（无水平条）以保留旧行为。

【讨论】：