在R中使用ANOSIM和SIMPER的不同结果[关闭]

Question

我已经运行 ANOSIM 和 SIMPER 来分析两种处理的社区相似性。

当我运行 ANOSIM 时，输出是：

ANOSIM 统计量 R：-0.04465 意义：0.749

意味着它们彼此相似？

但我运行 SIMPER，它说两种治疗的成分彼此相差 62%？

不知道如何解释这两个测试的输出......为什么他们说的不同？

Answer 1

我查阅了文档。

1. 它们彼此相似吗？是的：

选择除数使得 R 将在区间 -1 … +1 中，值 0 表示完全随机分组。

1. 62% 是否意味着各组彼此不同？不，需要大于 70%。

   该功能显示每对组中最重要的物种。这些物种至少占组间差异的 70%。

2. 还有这个注：

简单的结果可能很难解释。方法 非常严重地混淆了组间差异和组内的平均值 群体变异，并且似乎挑选出可变物种而不是 独特的物种（Warton et al. 2012）。即使你创建的组 是彼此的副本，该方法将挑选出高的物种 贡献，但这些不是对不存在的贡献 组间差异，但物种的组内差异 丰富。