通过 ggplot2 为 NMDS 的椭圆添加特定的形状和线型

Question

作为这个非常有用的问题和答案的后续行动：

Color-coding 95% confidence ellipses for centroids

我已经成功地在 ggplot 中为我的 NMDS 图叠加置信椭圆。我现在想指定绘图上数据点的颜色和形状，以及椭圆的颜色和线型，以区分我的四种处理方式。

NMDS 来了：

http://pastebin.com/99WcC6wN

Dat2 在这里：

http://pastebin.com/D93wrShT

我试过的代码如下：

ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + geom_point(aes(color = group)) +
  geom_path(data=Dat2, aes(x=NMDS1, y=NMDS2,colour=group), size=1,     linetype=2)+theme(axis.title.y=element_text(size=rel(1.1),vjust=0.2),axis.title.x=element_t    ext(size=rel(1.1),vjust=0.2),axis.text.x=element_text(size=rel(1)),axis.text.y=element_text(size=rel(1)),text = element_text(size=13)) +scale_shape_manual(name = "Treatment", labels = c("W+N-", "W+NC", "WCN-", "WCNC"),
                  values = c("17", "19","17", "19")) +scale_colour_manual(name = "Treatment", labels = c("W+N-", "W+NC", "WCN-", "WCNC"),
                  values = c("blue", "blue","red", "red")) +scale_linetype_manual(name = "Treatment", labels = c("W+N-", "W+NC", "WCN-", "WCNC"),
                  values = c("3", "1","3", "1")) 

不幸的是，似乎只有点和椭圆的颜色有效——椭圆的线型和数据点的形状似乎没有改变。有人对如何解决这个问题有建议吗？

非常感谢！

Answer 1

您需要将linetype 和shape 映射到group，就像您将color 映射到group 一样。实际上，您可以在第一行中执行这两个映射一次，因为变量的名称在您的两个数据集中是相同的：

ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2, color=group, linetype=group, shape=group))

当然，那么您需要删除其他地方的color 和linetype 映射。您还应该将scale_linetype_manual 中的linetype 值指定为数字，而不是字符串。最后，你会得到这样的东西：

ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2, color=group, linetype=group, shape=group)) + 
  geom_point() +
  geom_path(data=Dat2, aes(x=NMDS1, y=NMDS2), size=1) + 
  theme(axis.title.y=element_text(size=rel(1.1),vjust=0.2),axis.title.x=element_text(size=rel(1.1),vjust=0.2),axis.text.x=element_text(size=rel(1)),axis.text.y=element_text(size=rel(1)),text = element_text(size=13)) +
  scale_shape_manual(name = "Treatment", labels = c("W+N-", "W+NC", "WCN-", "WCNC"), values = c(17, 19,17, 19)) +
  scale_colour_manual(name = "Treatment", labels = c("W+N-", "W+NC", "WCN-", "WCNC"), values = c("blue", "blue","red", "red")) +
  scale_linetype_manual(name = "Treatment", labels = c("W+N-", "W+NC", "WCN-", "WCNC"), values = c(3, 1,3, 1))