使用 R 包 Vegan，是否可以在不手动添加元数据的情况下将不同因素的椭圆添加到 NMDS 图中？答案

【问题标题】：Using the R package Vegan, is it possible to add ellipses for different factors to an NMDS plot without manually adding meta-data?使用 R 包 Vegan，是否可以在不手动添加元数据的情况下将不同因素的椭圆添加到 NMDS 图中？
【发布时间】：2017-05-10 15:00:04
【问题描述】：

我正在尝试对一个大型数据集执行 NMDS 排序，该数据集具有跨越不同时间点和不同收集点的 50 多个样本点。每个样本点都有数千个为其排序/组装的 OTU。

我知道添加省略号的一种方法是手动添加可以合并到 NMDS 图中的“元数据”，如question 所示。

但是，我想添加省略号，而不必经历上述问题所示的手动添加元数据的繁琐且可能容易出错的过程。

有什么方法可以让这个过程“自动化”吗？我的样本点都以相同的格式命名，一个典型的例子是'12.14.2011.NP'。 'NP' 代表样本站点之一。

我想知道如何为所有“NP”点以及所有其他不同的示例站点创建椭圆。它们都以特定的首字母缩写词命名。

谢谢。

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics vegan

【解决方案1】：

如果您有一个带有级别、名称或其他椭圆标识符的变量，您可以使用它们。如果这些标识符嵌入在其他字符串中，则应删除不必要的部分。请参阅gsub、substring、strsplit 来操作字符串。如果你所有的名字都是你给的类型，并且你想删除数字和点并留下字符，这将起作用：

gsub('[0-9.]', '', '12.14.2011.NP')

或者对于数据框mydata中的所有名称：

gsub('[0-9.]', '', rownames(mydata))

【讨论】：