许多样本为零的社区矩阵的相异性，素食包

Question

我有与珊瑚相关的大型动物群落数据集，我正努力在素食包中对其进行分析。

2015 年对珊瑚群落进行了成像（针对五个地点的两种珊瑚物种），我们计算了在每个群落中发现的大型动物种类。在 2016 年和 2017 年，我们重新访问了相同的珊瑚群以计算相关的动物群。到目前为止，这是一个重复测量实验（Year/colonyID），但我有两个问题：

1- 2016 年和 2017 年重新访问的一些菌落没有动物群（总共 686 个菌落中的 143 个），这意味着我们的样本为零（n=143）。这导致adonis 函数出现问题，以测试相异性。

adonis(F_Mat ~ Species+Site+Year, data = F_Meta, permutations = 9999) you have empty rows: their dissimilarities may be meaningless in method �bray�missing values in results

我理解这条信息，但我必须考虑零样本，因为它们代表了动物群落随时间的动态。我尝试了“bray”和“Jaccard”方法，但都给了我与上面相同的错误信息。

我使用log1p (1+F_Mat ) 替换零来转换我的值并替换零，但它无法计算 alpha 多样性； Chaol 多样性指数，但适用于 adonis 功能。为了解决这个问题，我使用了BiodiversityR 包中的dist.zeroes 函数来处理adonis，并使用丰度矩阵作为alpha 多样性。不确定这是否是正确的方法

2- 2015 年的一些殖民地在后来的几年（2016 年和 2017 年）找不到，相反，我们拍摄了 2016 年和 2017 年以前未访问过的新殖民地的图像。所以，这并不是真正的重复测量，我认为我们应该将菌落 ID 视为随机效应，但据我所知，这在素食主义者中是不可行的。

关于如何分析这个数据集和解决我的实验问题有什么建议吗？非常感谢您的帮助。

Answer 1

发件人：https://rdrr.io/cran/vegan/man/vegdist.html

一个潜在的解决方案可能是为每个站点添加一个具有恒定值的虚拟物种。

如果您最终需要删除这些总和为 0 的行或列，您可以参考这个问题How to remove columns and rows that sum to 0 while preserving non-numeric columns

df <- df[rowSums(df[-(1:7)]) !=0, ]