CCA：绘制缺少约束变量的图？答案

【问题标题】：CCA: plot missing constrained variables?CCA：绘制缺少约束变量的图？
【发布时间】：2020-11-20 15:04:56
【问题描述】：

我正在调查一年四季鱼类群落的丰度与水环境参数之间的关系。因此，我的两个矩阵都有四行（冬季、秋季、春季和夏季），在我的物种矩阵中，列是我的物种，其值是每个季节的平均丰度；在我的环境数据矩阵中，列是水参数（pH、盐度、温度、氧气和电导率），值是每个季节的平均值（下图）。

当我绘制 CCA 结果时，它只绘制了 3 个变量（共 5 个）...有人知道为什么以及如何解决它吗？

这是我使用的代码。

speE <- read.csv(choose.files(), row.names=1, sep=";")
envE <- read.csv(choose.files(), row.names=1, sep=";")

log.speE <-log(speE+1)
log.envE <-log(envE+1)

library(vegan)

cca1 <- cca(log.speE ~ ., data = log.envE)

plot(cca1, type="n")
text(cca1, dis="cn", col="dodgerblue3", cex=1.2)
text(cca1, col="chocolate2", bg="chocolate2", cex=1.1)
text(cca1, "species", col="black", cex=0.9)

summary(cca1)
cca1
anova(cca1, by = "axis")

****PHOTO EXAMPLES OF MY PROBLEMS****
[Environmental matrix by season] [1]: https://i.stack.imgur.com/zj0YR.png
[Species matrix by season] [2]: https://i.stack.imgur.com/unnZ0.png
[CCA that gone wrong missing environmental variables] [3]: https://i.stack.imgur.com/yu0yh.jpg

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 plot visualization vegan

【解决方案1】：

我猜你被告知“某些约束被别名是因为它们是共线的（冗余）”？如果您没有看到该信息，请再次查看（它在那里）。例如，如果你有冬天、秋天、春天和夏天，你只有三个自变量：如果不是冬天、秋天或春天，它必须是夏天。所以夏天会被别名。函数alias(<myordination>) 会告诉你这个别名是如何完成的。

【讨论】：