R ggplot2 ggrepel - 在知道所有点的同时标记点的子集

Question

我有一个相当密集的散点图，我正在使用 R 'ggplot2' 构建，我想使用 'ggrepel' 标记点的子集。我的问题是我想在散点图中绘制所有点，但只用 ggrepel 标记一个子集，当我这样做时，ggrepel 在计算放置标签的位置时不会考虑图中的其他点，这会导致到与绘图上其他点重叠的标签（我不想标记）。

这是一个说明问题的示例图。

# generate data:
library(data.table)
library(stringi)
set.seed(20180918)
dt = data.table(
  name = stri_rand_strings(3000,length=6),
  one = rnorm(n = 3000,mean = 0,sd = 1),
  two = rnorm(n = 3000,mean = 0,sd = 1))
dt[, diff := one -two]
dt[, diff_cat := ifelse(one > 0 & two>0 & abs(diff)>1, "type_1",
                        ifelse(one<0 & two < 0 & abs(diff)>1, "type_2",
                               ifelse(two>0 & one<0 & abs(diff)>1, "type_3",
                                      ifelse(two<0 & one>0 & abs(diff)>1, "type_4", "other"))))]

# make plot
ggplot(dt, aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()

如果我只绘制我想要标记的点的子集，那么 ggrepel 能够以相对于其他点和标签不重叠的方式放置所有标签。

ggplot(dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
  aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()+
  geom_text_repel(data = dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
                  aes(x=one,y=two,label=name))

但是，当我想同时绘制这个数据子集和原始数据时，我会得到带有标签的重叠点：

# now add labels to a subset of points on the plot
ggplot(dt, aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()+
  geom_text_repel(data = dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
                  aes(x=one,y=two,label=name))

如何使点子集的标签不与原始数据中的点重叠？

Answer 1

您可以尝试以下方法：

1. 为原始数据中的所有其他点分配一个空白标签 ("")，以便geom_text_repel 在相互排斥标签时将它们考虑在内；
2. 将box.padding 参数从默认的0.25 增加到更大的值，以获得更大的标签之间的距离；
3. 增加 x 轴和 y 轴限制，以便在标签的四个边有更多空间来排斥。

示例代码（带有box.padding = 1）：

ggplot(dt, 
       aes(x = one, y = two, color = diff_cat)) +
  geom_point() +
  geom_text_repel(data = . %>% 
                    mutate(label = ifelse(diff_cat %in% c("type_1", "type_2") & abs(diff) > 2,
                                          name, "")),
                  aes(label = label), 
                  box.padding = 1,
                  show.legend = FALSE) + #this removes the 'a' from the legend
  coord_cartesian(xlim = c(-5, 5), ylim = c(-5, 5)) +
  theme_bw()

这是另一个尝试，box.padding = 2:

（注意：我使用的是 ggrepel 0.8.0。我不确定早期软件包版本是否具备所有功能。）