保存然后加载“tibble”会导致 S4 方法无法识别它

Question

我在 R 中有一个涉及 S4 类系统的晦涩问题。

首先我创建一个 tibble 并保存它：

df = tibble::tibble(a=1:5, b=2:6)
save(df, file="foo.Rdata")

接下来，我关闭 R 会话，并开始一个新会话（出于某种原因，这很重要）。

然后，我定义了一个在data.frame（tibble 是其子类）上调度的 S4 方法：

setGeneric("sumTheColumns", function(target){    
  standardGeneric("sumTheColumns")    
})    
setMethod("sumTheColumns", signature(target="data.frame"), function(target){    
    colSums(target)    
})    
     
load("foo.Rdata")    
print(df)    
print(class(df))    
print(showMethods(sumTheColumns))    
sumTheColumns(df)   

由此，R 输出：

[1] "sumTheColumns"
  a b
1 1 2
2 2 3
3 3 4
4 4 5
5 5 6
[1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"
Function: sumTheColumns (package .GlobalEnv)
target="data.frame"

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘sumTheColumns’ for signature ‘"tbl_df"’
Calls: sumTheColumns -> <Anonymous>
Execution halted

如您所见，tibble 正在正确保存和加载，并且它保留了它的类，但是它不再正确分派。有趣的是，如果您在我们创建df 的第一个 R 会话中定义并调用这些相同的方法，这些方法会正确分派。

为什么会发生这种情况，我该如何解决？

如果这是一个特定于操作系统的错误，这里是来自sessionInfo 的一些输出：

> sessionInfo()
R version 4.1.1 (2021-08-10)
Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 21.04

Answer 1

比较两种情况下的loadedNamespaces() 条目。我明白了

> loadedNamespaces()
[1] "compiler"  "graphics"  "utils"     "grDevices" "stats"     "datasets"  "methods"   "base"    

在一个干净的新会话中，但在创建 df 之后，它会增长到

> loadedNamespaces()
 [1] "compiler"  "magrittr"  "ellipsis"  "graphics"  "pillar"    "glue"      "utils"    
 [8] "tibble"    "grDevices" "crayon"    "stats"     "utf8"      "fansi"     "datasets" 
[15] "vctrs"     "methods"   "lifecycle" "pkgconfig" "rlang"     "base"    

所以其中一个新软件包解决了这个问题。我猜它是tibble 本身，确实我在新会话中看到了错误，但在我运行loadNamespace("tibble") 之后没有看到（它得到了第二个列表中的所有内容）。所以解决办法是：

要让你的数据框方法在小标题上工作，你可以运行

loadNamespace("tibble")

在打电话给他们之前。如果您打算在其他地方将 tibbles 视为 tibbles，您会想要这样做，例如让他们以 tibbles 打印的方式打印。

或者，如果你只是想让你的代码像数据帧一样在 tibbles 上工作，你可以做 tibble 包所做的事情，然后运行

methods::setOldClass(c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

这不会加载任何包，但它会告诉 S4 系统 tibbles 从数据帧继承。