R：生成唯一的、不重叠的间隔答案

【问题标题】：R: Generate unique, non-overlapping intervalsR：生成唯一的、不重叠的间隔
【发布时间】：2014-11-07 18:02:44
【问题描述】：

假设我有一组起点和终点，例如

我想获得所有独特的、不重叠的间隔

如何在 R 中做到这一点？使用 base R 或任何包都应该没问题。

MWE

matrix( c(0,10,8,10,10,20,10,20,25,30,40,50,45,55),ncol=2,byrow=TRUE)

【问题讨论】：

你为什么选择0 8和8 10而不是0 10？您能否更清楚地了解如何选择区间？
可能会看到包intervals 或set 和this question。
我知道intervals 包，但我找不到完全符合我要求的函数。我可能不得不写一些自定义的东西
如果输入是 (0,20) 和 (5,10)。预期的输出是什么？
(0, 5), (5, 10), (10, 20)

标签： r intervals

【解决方案1】：

有点天真，这似乎适用于您的具体示例：

matrix( c(0,10,8,10,10,20,10,20,25,30),ncol=2,byrow=TRUE)->mfoo

sort(unique(as.vector(mfoo)))

[1]  0  8 10 20 25 30

【讨论】：

这几乎是我想要的，但它不处理没有完全重叠的情况。我添加了另一个示例间隔。我可能只需要编写一些代码。
我通过您的新示例得到了您想要的结果，但您可能需要一种拒绝 30 40 的方法。我认为这并不难：尝试将我的输出与您输入的第一列进行比较，可能。
我明白了，你的每一对输出都会产生所有想要的输出，但也会产生更多（正如你所说。还要注意我的新示例，它也会产生 (20,25) ）。

【解决方案2】：

这是另一个使用 bioconductor 包 IRanges 中的 disjoin 函数的解决方案：

require(IRanges)
ans = disjoin(IRanges(x[,1]+1L, x[,2])
# IRanges of length 7
#     start end width
# [1]     1   8     8
# [2]     9  10     2
# [3]    11  20    10
# [4]    26  30     5
# [5]    41  45     5
# [6]    46  50     5
# [7]    51  55     5

start(ans) = start(ans)-1L
# IRanges of length 7
#     start end width
# [1]     0   8     9
# [2]     8  10     3
# [3]    10  20    11
# [4]    25  30     6
# [5]    40  45     6
# [6]    45  50     6
# [7]    50  55     6

【讨论】：

【解决方案3】：

这是一个使用 intervals 包的尴尬解决方案

x <- unique(Intervals_full(matrix( c(0,10,8,10,10,20,10,20,25,30, 40,50,45,55),ncol=2,byrow=TRUE)))
closed(x)[1:length(x)]<-FALSE

z <- interval_overlap(x,x)
y <- NULL
for(i in 1:length(z)){
  if( length( z[[i]])==1){
    y <- rbind(y,x[i])
  }
  for(j in z[[i]]){
    if(i != j){
      y <- rbind(y,interval_difference(x[i],x[j]),interval_intersection(x[i],x[j]))
      y <- rbind(y,interval_difference(x[j],x[i]),interval_intersection(x[j],x[i]))
    }

  }
}
y <- unique(Intervals(y))

【讨论】：