【问题标题】:Cannot install package data.table on AWS EC2无法在 AWS EC2 上安装包 data.table
【发布时间】:2018-05-20 21:27:41
【问题描述】:

我无法在 AWS EC2 实例上安装包 data.table。 在我遇到的错误下方。

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
Warning: R include directory is empty -- perhaps need to install R-devel.rpm or similar
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic  -c assign.c -o assign.o
In file included from assign.c:1:0:
data.table.h:1:15: fatal error: R.h: No such file or directory
 #include <R.h>
               ^
compilation terminated.
make: *** [assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’
* removing ‘/home/user1/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.4/data.table’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘data.table’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpMTCCET/downloaded_packages’

我尝试创建一个 MakeVars 文件(在 .R 文件夹中),其中包含:

CC = /usr/bin/gcc64
CXX = /usr/bin/g++
SHLIB_OPENMP_CFLAGS = -fopenmp

但它不会改变任何东西。也许 MakeVars 文件的路径是错误的? 谢谢!

编辑:

【问题讨论】:

  • 我猜你需要先sudo apt-get install r-base-dev。
  • 我已经做到了。
  • 如果你输入locate R.h...找到了吗?
  • 我将编辑我的帖子,向您展示它的作用。
  • 我的错误...我假设您使用的是 Ubuntu。 Amazon Linux 上的包通常被命名为不同的东西。可能你需要sudo yum install R-devel。 stackoverflow.com/a/20128351/1695906

标签: r amazon-ec2 data.table


【解决方案1】:

在 Centos 中运行良好:

sudo yum install R-devel

感谢@Michael - sqlbot!

【讨论】:

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