用新名称在 fread 之后写入文件答案

【问题标题】：Writing files after fread with a new name用新名称在 fread 之后写入文件
【发布时间】：2016-04-04 08:59:01
【问题描述】：

假设我有这样的文件，

cat("TRIAL\nTRIAL\nblah\nVARIABLE,X1,X2\nA,1,2\n", file="myfile1.csv")
cat("blah\nVARIABLE\nTRIAL,A1,A2\nA,1,2\n", file="myfile2.csv")
cat("blah\nblah\nVARIABLE\nTRIAL,Z1,Z2\nA,1,2\n", file="myfile3.csv")

flist<-list.files(pattern = "myfile.*.csv")

[1] "myfile1.csv" "myfile2.csv" "myfile3.csv"

我使用fread 和!grep 读取这些文件，其中包含一些字符串“TRIAL”

result <- lapply(flist,function(x)fread(paste("grep -v TRIAL",x),header = FALSE)[,FNAME:=x])

那么如果我尝试像这样写这些文件"myfile1_new.csv" "myfile2_new.csv" "myfile3_new.csv" ;

lapply(result,function(x) write.table(x,file = gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", flist),row.names = FALSE,col.names = TRUE))

文件中的错误（文件，ifelse（追加，“a”，“w”））：无效 'description' 参数另外：警告消息：在 if (file == "") file 1 并且只使用第一个元素

我知道result 是一个列表

str(result) List of 3，但我收到了类似上面的错误。

此外，我如何在同一 lapply 循环内组合 fread 和 write.table？

问候

【问题讨论】：

result 的内容是什么？它可能是一个列表，但它是您期望的对象列表（即可写）吗？
@steveb 请重现该示例。您将看到结果的内部。
gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", flist) 当 write.table 需要单个字符时是长度为 3 的向量矢量...也许 lapply(1:length(result), function(n) write.table(result[[n]], file = gsub("(.*)(\\..*)", "\\ 1_new\\2", flist)[n],row.names = FALSE,col.names = TRUE))
@chinsoon12 你不希望flist 也被n 索引（即flist[n]）吗？
@Alexander 我在你的帖子中遗漏了一些东西，我能够重现这个问题。

标签： r data.table lapply fread

【解决方案1】：

第一部分：

gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", flist) 返回一个列表，因此您需要将其中的一个元素传递给write.table，我将通过在lapply() 函数中使用seq_along() 来实现，如下所示：

cat("TRIAL\nTRIAL\nblah\nVARIABLE,X1,X2\nA,1,2\n", file = "myfile1.csv")
cat("blah\nVARIABLE\nTRIAL,A1,A2\nA,1,2\n", file = "myfile2.csv")
cat("blah\nblah\nVARIABLE\nTRIAL,Z1,Z2\nA,1,2\n", file = "myfile3.csv")

flist <- list.files(pattern = "myfile.*.csv")

result <-
  lapply(flist, function(x)
    fread(x, header = FALSE)[, FNAME := x])

# str(gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", flist))  # returns a list

lapply(seq_along(result), function(i) {
  # print(gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", flist))  # a list
  # print(gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", flist)[i])  # this is what you want
  write.table(
    result[i],
    file = gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", flist[i]),
    row.names = FALSE,
    col.names = TRUE
  )
})

第二部分（合并为一个lapply()）可能会涉及来自dplyr 包的管道（%>%）运算符。

编辑：第二部分：

library(dplyr)

lapply(
  seq_along(flist),
  FUN = function(i) {
    # fread(paste("grep -v TRIAL", x), header = FALSE)[, FNAME := x])
    fread(flist[i], header = FALSE)[, FNAME := flist[i]] %>%
      write.table(
        file = gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", flist[i]),
        row.names = FALSE,
        col.names = TRUE
      )
  }
)

或者您可以将fread() 的结果分配给临时变量，然后执行write.table(temp, file = ...)。

【讨论】：

【解决方案2】：

for (filename in flist) {
  d = fread(paste("grep -v TRIAL", filename), header = FALSE)[, FNAME := filename]
  write.table(d, gsub("(.*)(\\..*)", "\\1_new\\2", filename),
              row.names = FALSE, col.names = TRUE)
}

【讨论】：