stat_qq 在设置组时删除值

Question

我正在尝试在ggplot2 中制作一个 QQ 图，其中一些选定的点应该具有不同的形状。但是当我将形状映射到美学中的变量时，stat_qq 包含此变量以拆分数据（涉及 2x3 因素）。

这是一个可重现的例子：

library(ggplot2)
set.seed(331)

df <- do.call(rbind, replicate(10, {expand.grid(method=factor(letters[1:3]), model=factor(LETTERS[1:2]))}, simplify=FALSE ))
df$x <- runif(nrow(df))
df$y <- rnorm(nrow(df), sd=0.2) + 1*as.integer(df$method)
df$top <- FALSE
df <- df[order(df$y, decreasing=TRUE),]
df$top[which(df$method=='a')[1:10]] <- TRUE

到目前为止，我已经成功制作了一个简单的QQ图：

ggplot(df, aes(sample=y, colour=method)) + stat_qq() + facet_grid(.~model)

这基本上是我想要的，除了一个充满方法“a”中的点的手，其形状不同，如变量“top”所示。 从代码中，我们知道这些对应于每个模型中方法“a”中的前 5 个值；即每个刻面最左边的五个红点应该有不同的形状。 在这里，我尝试将其添加为美学：

ggplot(df, aes(sample=y, colour=method, shape=top)) + stat_qq() + facet_grid(.~model)

现在，很明显，stat_qq 已包含变量“top”来拆分数据集，因为前 5 个数据点与非顶部点平行绘制。 这不符合预期。

如何指导stat_qq 对数据进行分组？ 我可以试试集体审美：

ggplot(df, aes(sample=y, colour=method, shape=top, group=method)) + stat_qq() + facet_grid(.~model)
Warning messages:
1: Removed 10 rows containing missing values (geom_point). 
2: Removed 10 rows containing missing values (geom_point). 

但由于某种原因，这会完全删除连接到模型的所有数据点。

任何想法如何克服这个问题？

Answer 1

由于您想违反 ggplot2 的基本概念之一，因此在 ggplot 之外进行计算会更容易：

library(plyr)
df <- ddply(df, .(model, method), 
            transform, theo=qqnorm(y, plot.it=FALSE)[["x"]])

ggplot(df, aes(x=theo, y=y, colour=method, shape=top)) + 
    geom_point() + facet_grid(.~model)