汇总计数数据并返回 R 中因子的最高级别

Question

我对 R 相当陌生，我有一个数据框，其中包含在各个站点检测到的个体鸟类的数量，以及每个个体的繁殖证据（有序因素）。它看起来像这样：

station<-c('stn1','stn1','stn1','stn1','stn1','stn2','stn2')
species<-c('PBGR','PBGR','SORA','SORA','SORA','LCSP','SORA')
interval1<-c(0,0,1,1,0,1,0)
interval2<-c(1,1,0,0,1,0,1)
breeding.evidence<-c('A','A','S','S','D','S','S')
breeding.evidence<-factor(breeding.evidence,levels=c('S','D','A'))

df<-data.frame(station,species,interval1,interval2,breeding.evidence)

>df
  station species interval1 interval2 breeding.evidence
1    stn1    PBGR         0         1                 A
2    stn1    PBGR         0         1                 S
3    stn1    SORA         1         0                 S
4    stn1    SORA         1         0                 S
5    stn1    SORA         0         1                 D
6    stn2    LCSP         1         0                 S
7    stn2    SORA         0         1                 S

事实上，每一行代表一个人。我想总结数据框为同一物种的记录添加interval1和interval2，并选择最高的育种证据。到目前为止，我有：

library(dplyr)

df%>%
group_by(station,species)%>%
summarise_at(vars(interval1:interval2),sum)

哪个有效，然后返回

  station species interval1 interval2 
1    stn1    PBGR         0         2 
2    stn1    SORA         2         1                 
3    stn2    LCSP         1         0 
4    stn2    SORA         0         1 

但是我已经失去了繁殖证据，并且尽我所能尝试我无法弄清楚什么代码可以工作。我最后想要的是这样的：

  station species interval1 interval2  breeding.evidence
1    stn1    PBGR         0         2                  A
2    stn1    SORA         2         1                  D       
3    stn2    LCSP         1         0                  S
4    stn2    SORA         0         1                  S

提前感谢您的帮助！

Answer 1

也许您可以定义另一个变量来设置breeding.evidence 的顺序，如下所示。

df <- df %>%
  mutate(ind = case_when(breeding.evidence == "A"~1L,
                         breeding.evidence == "D"~2L,
                         breeding.evidence == "S"~3L,
                         TRUE~NA_integer_))

然后，您可以将第一个摘要与同一数据集中的另一个摘要连接起来，在按该排序变量 (ind) 排列后获取 first breeding.evidence。

df%>%
  group_by(station,species)%>%
  summarise_at(vars(interval1:interval2),sum) %>%
  left_join(df %>%
              group_by(station, species) %>%
              arrange(ind) %>%
              summarise_at(vars(breeding.evidence), funs(first)))

输出

# A tibble: 4 x 5
# Groups:   station [?]
  station species interval1 interval2 breeding.evidence
  <fct>   <fct>       <dbl>     <dbl> <fct>            
1 stn1    PBGR            0         2 A                
2 stn1    SORA            2         1 D                
3 stn2    LCSP            1         0 S                
4 stn2    SORA            0         1 S