【发布时间】：2018-11-05 05:29:16
【问题描述】：
我一直在尝试从 RStudio 安装 glmnet 包。我的系统上运行着 Ubuntu 18.04。这是我用过的命令
install.packages("glmnet", repos = "http://cran.us.r-project.org")
我无法安装该软件包。以下是错误信息。
Installing package into ‘/home/vamshi/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/glmnet_2.0-16.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3882584 bytes (3.7 MB)
==================================================
downloaded 3.7 MB
* installing *source* package ‘glmnet’ ...
** package ‘glmnet’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-oNcpyf/r-base-3.5.1=. -fstack-protector-strong -c glmnet5dp.f -o glmnet5dp.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-oNcpyf/r-base-3.5.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c glmnet_init.c -o glmnet_init.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o glmnet.so glmnet5dp.o glmnet_init.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
/usr/bin/x86_64-linux-gnu-ld: cannot find -lgfortran
collect2: error: ld returned 1 exit status
/usr/share/R/share/make/shlib.mk:6: recipe for target 'glmnet.so' failed
make: *** [glmnet.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘glmnet’
* removing ‘/home/vamshi/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/glmnet’
Warning in install.packages :
installation of package ‘glmnet’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpwiFSth/downloaded_packages’
请帮帮我。我也尝试过install.packages("glmnet",dependencies="TRUE")，但安装时仍然出错。
@saisaran
sessionInfo()的输出如下：
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS
Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8
[4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] ISLR_1.2
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.1 tools_3.5.1
【问题讨论】：
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来自rstudio 的描述：
**Do not** use this tag for general R programming problems, just use the R tag. ONLY use for RStudio-specific questions.将 RStudio 与 R 紧密联系起来是一个常见的错误，但它们是不同的主题（一个是 IDE，另一个是语言）。 -
你可以发你的
rsessioninfo() -
@saisaran。请检查发布的问题中 sessionInfo() 命令的输出
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这不太可能是 R 问题。在控制台上尝试
apt-get install libgfortran3（作为管理员用户）安装 R 包所需的库。在这个问题中，我认为最具指示性的消息是cannot find -lgfortran，这表明它在库路径中的任何地方都找不到libgfortran.so。 google search for ubuntu and libgfortran 指向包。 -
@r2evans。谢谢。在我安装 gfortran 后它工作了。