在 RHEL6 上安装 rJava：即使使用相同的 Java 路径，我也会得到：错误：一种或多种 JNI 类型与相应的本机类型不同

Question

我正在使用 Linux 服务器 RHEL6 并安装了 anaconda。我有以下设置

 conda-env version : 4.3.13
 conda-build version : 2.1.4
 python version : 2.7.13.final.0
 rpy2 : 2.8.5

我安装了 rpy2 以在 python 中使用 R。但是使用 conda 安装的 R 版本我有安装“rJava”的问题。

checking whether Java run-time works... yes
checking whether -Xrs is supported... yes
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package 'rJava'

在同一台机器上安装了我的独立版本的 R 没有问题，所以我知道我安装了正确的版本。

对于我的 2 个具有相同 R 版本的不同设置（带有 R 和 conda 的独立 R），我有相同的 Java 版本

 java -version
openjdk version "1.8.0_121"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_121-b13)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.121-b13, mixed mode)

对于这两种设置，以下变量都不会退出

R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH
JAVA_HOME

定义。独立的路径非常相似：

PATH=/opt/ccda/anaconda2/bin:/opt/opennlp/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

对于安装了 conda 的 R，我有：

PATH=/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/bin:/opt/ccda/anaconda2/bin:/opt/ccda/anaconda2/bin:/opt/opennlp/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

这里是编译期间的信息。对于独立 R 版本：

interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm

而对于使用 conda 安装的 R 版本：

interpreter : '/usr/lib/jvm/java/jre/bin/java'
archiver    : '/usr/lib/jvm/java/jre/../bin/jar'
compiler    : '/usr/lib/jvm/java/jre/../bin/javac'
header prep.: '/usr/lib/jvm/java/jre/../bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm'

我尝试使用以下方法获得相同的路径：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jre-1.8.0-openjdk.x86_64/bin/java
export R_JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/lib/amd64/server
export JAVA_CPPFLAGS="-I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include/linux"

顺便说一句：

/usr/bin/java -> /etc/alternatives/java
/etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/jre-1.8.0-openjdk.x86_64/bin/java

但重新运行后：

 R CMD javareconf

然后重新编译我得到了同样的错误，而现在路径看起来是一样的：

interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm'

所以我不明白这是什么意思“一个或多个 JNI 类型不同”以及我应该在路径和标志中让它工作。

R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/lib/jvm/jre-1.8.0-openjdk.x86_64/bin/java
Java version     : 1.8.0_121
Java home path   : /usr/lib/jvm/jre-1.8.0-openjdk.x86_64
Java compiler    : /usr/lib/jvm/jre-1.8.0-openjdk.x86_64/../bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/jre-1.8.0-openjdk.x86_64/../bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/jre-1.8.0-openjdk.x86_64/../bin/jar

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include/linux
detected JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include/linux -I/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/include    -fpic  -I/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/include  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib/R/lib -L/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib -lgfortran -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/jre-1.8.0-openjdk.x86_64
Java library path: /usr/lib/jvm/java/jre/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/../include/linux
JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.121-0.b13.el6_8.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib/R
Done.

我不知道，因为我并不真正理解错误消息的含义。我尝试了与类似问题相关的各种线程的所有建议。

编辑：使用导出

LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/lib/amd64:$JAVA_HOME/lib/amd64/server 

解决部分问题（在这种情况下不再需要 JAVA_HOME）但我还有其他问题：

• 在这种情况下不使用-m64 标志（而它与独立的 R 版本一起使用）

• /usr/bin/ld: 找不到 -liconv

但图书馆存在：

/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib/libiconv.so
/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib/libiconv.so.2
/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib/libiconv.so.2.5.1
/opt/ccda/anaconda2/envs/py27CCA/lib/preloadable_libiconv.so

但可能不在使用的路径中，所以我现在需要修复它。

Answer 1

确保使用指向 JDK 的显式设置重新配置您的 R 环境。

确保 JAVA_HOME 指向 JDK

export JAVA_HOME=your_JDK_installation

然后，重新配置 R 并显式传递所有位置

sudo R CMD javareconf \
JAVA_HOME=${JAVA_HOME} \
JAVA=${JAVA_HOME/bin/java \
JAVAC=${JAVA_HOME}/bin/javac \
JAVAH=${JAVA_HOME}/bin/javah \
JAR=${JAVA_HOME}/bin/jar \
JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/jre/lib/server \
JAVA_CPPFLAGS="-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/linux"

然后，尝试在 R 之外配置 rJava

curl https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz -o rJava_0.9-8.tar.gz
tar zxf rJava_0.9-8.tar.gz
cd rJava
./configure

如果它可以工作，你应该可以从 R 中的源代码安装它

install.packages("rJava", type="source")